EPYC9654使用aocc+aocl编译的openmpi和vasp的问题

ginlpein

rogerjun 发表于 2024-5-18 14:54
我后续就都是正常安装了。感觉你这个环境变量设置有些问题，就感觉编译出来的openmpi不是依赖clang、clan ...

您好，感谢耐心解答！
我看到您安装路径里面有aocc-4.2.0_gcc-toolset-12这一级，请问这一级是openmpi编译过程中自动生成的吗？还是您安装gcc-toolset-12时候搞的？
另外，环境变量方面您在openmpi编译前是否有什么特别的调整？
因为我的整个编译用的机子是在刚装完Rocky9.3 DVD-ISO镜像上搞得，aocc和aocl用的rpm包安装，gcc gfortran g++都是因为openmpi根据openmpi编译报错的信息才用yum安装的。理论上应该不会多出什么不必要的包，.bashrc在openmpi编译前也仅添了setenv_AOCC.sh和amd-libs.cfg的source，所以不是很明白为啥环境变量搞得一团糟。(因为不必要的都没安装的原因，我连module都没有，后面曾一度搞了个module但都没包在module list里显示)

rogerjun

ginlpein 发表于 2024-5-18 22:34
您好，感谢耐心解答！
我看到您安装路径里面有aocc-4.2.0_gcc-toolset-12这一级，请问这一级是openmpi编 ...

“aocc-4.2.0_gcc-toolset-12”这个目录是我为了区分不同编译方法下得到的openmpi版本所以自己设置的目录名称。环境变量方面看起来你的操作没什么问题。我觉得你可以去检查一下openmpi configure后得到的config.log文件，搜索一下Fortran或者flang之类的关键词，看看编译openmpi时flang是否成功链接上了，从你的错误信息看来，openmpi编译时可能没链接上flang，而使用了gnu的gfortran.
更新：甭纠结了兄弟，我测试了一下，核数比较少的时候（我是双路7R32和单路9654，使用<=96核），使用intel oneAPI（2024.1）编译得到的vasp6.4.2要比aocc的快得多，而且编译过程畅通无阻。也有人说核数多了之后aocc比较快的，但是核数少的时候还是oneAPI更牛。

ginlpein

rogerjun 发表于 2024-5-19 11:05
“aocc-4.2.0_gcc-toolset-12”这个目录是我为了区分不同编译方法下得到的openmpi版本所以自己设置的目录 ...

真的十分感谢您多次的解答！
log里面您flang链接成功的语句是啥？方便参考一下吗？

然后oneAPI的问题。。。其实我就是从oneAPI那边转过来的，机子到的时候有人帮忙搞了oneAPI+vasp6.3.2的组合，运行没问题，但是计算速度奇慢无比，都查不到问题在哪。。。同样插满全部内存的情况下，新机子在硬件全面升级的情况下，同一个SCF收敛任务128核并行是老机子(2019XE+2015MPI+VASP5.4.4)时间花费的10倍。。。所以这次就只能下定主意自己刷机然后自己分别走一遍AOCC和oneAPI编译的路线来测试了。

rogerjun

ginlpein 发表于 2024-5-20 15:35
真的十分感谢您多次的解答！
log里面您flang链接成功的语句是啥？方便参考一下吗？

flang链接上的信息大概是这些？
“configure:5802: *** Fortran compiler
configure:29064: checking for Fortran compiler version
configure:29073: flang --version >&5
AMD clang version 16.0.3 (CLANG: AOCC_4.2.0-Build#89 2023_12_13)”

“configure:29520: checking if Fortran compiler works
configure:29552: flang -o conftest    conftest.f  >&5
configure:29552: $? = 0
configure:29552: ./conftest
configure:29552: $? = 0
configure:29569: result: yes”

我这边测试的结果确实是oneAPI编译开启avx指令集后的vasp6.4.2速度远超aocc编译版本，郁闷中。。。现在怀疑我aocc编译漏了些参数，居然amd自己的U优化不过Intel、、、层主后续方便的话，可否提供测试算例的一些数据，我们也交流一下哪种编译速度更快的问题

Jiongci-21

rogerjun 发表于 2024-4-13 18:15
问题1：clang -v检查一下clang链接的gcc版本，我测试了一下，clang链接到gcc-12时可正常安装openmpi 5.0.x
...

请问对于问题1，安装aocc时候clang只会链接linux系统默认的那个gcc版本吗。我非root用户，但是系统里装了几个版本的gcc，我load 了gcc13但是安装之后仍然是gcc8。请问有没有好的解决办法。

kkTina

请问最后一个问题解决了吗

scprosper

双路9654+ubuntu22.04，aocc和aocl版本4.2.0，openmpi版本4.1.6（此前由于编译cp2k还存在5.0.6版本），成功实现vasp 6.4.2+vtst的编译。
同样遇到问题3，将OFLAG由-O2更改为-O3问题得以部分解决。可以正常跑计算，输出文件正常，但是仍然存在warning（-np x则报x次）：
Warning: ieee_invalid is signaling
Warning: ieee_underflow is signaling
Warning: ieee_inexact is signaling
FORTRAN STOP
由于不影响正常使用暂时不打算处理，后续如出现其他异常再考虑使用oneapi。