求助: 多聚体MD的position restraint

NicoleDH · 发表于 Post on 2024-3-9 11:37:43

本帖最后由 NicoleDH 于 2024-3-9 11:39 编辑

大家好，

我在用Gromacs v2022模拟一个蛋白质三聚体与小分子的复合物体系，拓扑文件中包含了三条链的position restraint并添加了预处理语句ifdef。
在NVT和NPT平衡过程中，都使用了define = -DPOSRES做restraint，但是模拟了大约50 ns之后就发现有一帧三聚体散开了，之后立马又变成三聚体。后面的轨迹也是在散开和聚拢之间来回跳跃。

我的nvt.mdp、npt.mdp、md.mdp文件中tc-grps都是Protein_cpd Water_and_ions，这里的Protein是包含了所有的3条链的吧？

请问是position restraint没有生效吗？怎么解决呢？谢谢！

Seyilaxa · 发表于 Post on 2024-3-9 14:49:12

散开是指真的散开了还是因为周期性边界条件三条链被分到三个边界上

NicoleDH · 发表于 Post on 2024-3-9 16:20:47

谢谢，解决了，是周期性边界的锅，-pbc mol -ur compact还不够，将蛋白和配体做一个组，使用-pbc cluster保持完整就好了

EthanLys · 发表于 Post on 2026-1-14 17:31:54

你好，我想请教一下多聚体动力学模拟结果分析时，出现过部分时刻RMSD值异常大的情况吗，这时候如何解决呢

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