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[Amber] 求助:Amber如何提取能量最低的一帧结构

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请问各位老师,使用Amber模拟蛋白+小分子 100ns,模拟结束后如何提取这100ns轨迹中能量最低的那一帧呢?

什么命令可以实现呢?

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发表于 Post on 2024-3-10 01:56:31 | 只看该作者 Only view this author
  1. import MDAnalysis as mda
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发表于 Post on 2024-3-10 08:17:16 | 只看该作者 Only view this author
输出信息中用grep获得所有能量,可以通过excel之类找能量最低的帧,然后VMD保存轨迹时选择相应的帧号
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发表于 Post on 2024-3-10 18:16:03 | 只看该作者 Only view this author

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-11 10:58:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-3-10 08:17
输出信息中用grep获得所有能量,可以通过excel之类找能量最低的帧,然后VMD保存轨迹时选择相应的帧号

好的,谢谢老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-11 10:58:31 | 只看该作者 Only view this author

多谢,我试试这个Python包

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