求助：相同计算方法下得到了两种不同结构的攫氢过渡态，该怎么考虑

哇卡卡卡卡卡 · 发表于 Post on 2024-3-10 05:24:33

本帖最后由哇卡卡卡卡卡于 2024-3-11 00:10 编辑

各位老师好！在B3LYP/6-31G*-LANL2DZ计算方法下，找到了两种不同结构的攫氢过渡态，通过做IRC发现前后中间体都连接的是正确的结构，证明这两个结构都是攫氢过渡态。过渡态的能量还有虚频，都有一定的差异，这种情况下，应该怎么考虑，怎么判断哪一个是自己想要的？请各位老师指导，谢谢！

J. Am. Chem. Soc. 2017, 139, 11451−11459

sobereva · 发表于 Post on 2024-3-10 08:25:48

Lanl2DZ太烂，仔细看
谈谈赝势基组的选用
http://sobereva.com/373（http://bbs.keinsci.com/thread-5625-1-1.html）

转移的氢应当至少用6-31G**

分子间色散作用影响完全不能忽视，必须带色散校正，仔细看
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正？”
http://sobereva.com/413
谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的
http://sobereva.com/557（http://bbs.keinsci.com/thread-17899-1-1.html）

解决以上问题再说

哇卡卡卡卡卡 · 发表于 Post on 2024-3-10 10:09:02

sobereva 发表于 2024-3-10 08:25
Lanl2DZ太烂，仔细看
谈谈赝势基组的选用
http://sobereva.com/373（http://bbs.keinsci.com/thread-5625 ...

老师，但是对于iron-oxo体系，有文献报道说用B3LYP泛函相对来说是最准确的，实验精度高。所以在这个前提条件下，该怎么处理上面遇到的问题呢

sai77 · 发表于 Post on 2024-3-10 10:43:22

这不就是过渡态的不同构象吗
做构象搜索，你会发现更多不同过渡态

哇卡卡卡卡卡 · 发表于 Post on 2024-3-10 11:02:00

sai77 发表于 2024-3-10 10:43
这不就是过渡态的不同构象吗
做构象搜索，你会发现更多不同过渡态

这个结构相差还挺大的，如果从构象进行考虑的话，那应该取右边那个结构，但实际上左边那个模型结构更合理一点，所以不知道应该怎么考虑

sobereva · 发表于 Post on 2024-3-10 14:17:53

哇卡卡卡卡卡发表于 2024-3-10 10:09
老师，但是对于iron-oxo体系，有文献报道说用B3LYP泛函相对来说是最准确的，实验精度高。所以在这个前提 ...

又没说一定不能用B3LYP，我让你加色散校正
文献里的情况未必色散作用像此体系那么显著。而且什么文献都不说，那时候的业界很可能还没意识到色散校正的重要性，那时候用B3LYP发得出去文章不代表现在也可以

哇卡卡卡卡卡 · 发表于 Post on 2024-3-11 00:19:46

sobereva 发表于 2024-3-10 14:17
又没说一定不能用B3LYP，我让你加色散校正
文献里的情况未必色散作用像此体系那么显著。而且什么文献都 ...

老师文献中的内容上传了不知道这种情况下最后这个体系是否用B3LYP方法是最合适的，而且我为什么觉得第一个结构更合理呢，因为在实验中，卟啉meso位上还连有配体，我觉得如果是第二个结构跟卟啉环平行，苯环和配体会有位阻。

sobereva · 发表于 Post on 2024-3-11 07:34:40

人家说用B3LYP是根据不同自旋态能量差判定的，和加色散校正完全不冲突
最后再强调一次，加上色散校正重算。该说的我都说了。继续自说自话我不再回复

哇卡卡卡卡卡 · 发表于 Post on 2024-3-11 09:56:21

sobereva 发表于 2024-3-11 07:34
人家说用B3LYP是根据不同自旋态能量差判定的，和加色散校正完全不冲突
最后再强调一次，加上色散校正重算 ...

谢谢老师明白了

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