gmx pdb2gmx出现了Fatal error: Atom O1 in residue HIS 180 was not found in...

Allan_Zhang · 发表于 Post on 2024-3-11 17:28:51

当我在运行gmx pdb2gmx -f ... -p ... -water spce -ignh时候（模拟的是蛋白蛋白之间结合）
出现了Fatal error: Atom O1 in residue HIS 180 was not found in rtp entry HISE with 17 atoms while sorting atoms.
之前也出现过但是我用-ignh 都解决了，这次实在不知道如何解决了，请教下大家

clock1993 · 发表于 Post on 2024-3-11 17:35:47

这个和氢原子没关系啊，-ignh只是让程序忽视了氢原子。你使用的是什么力场？要不试下换个力场或者用pdbfixer修下蛋白再试试？

Allan_Zhang · 发表于 Post on 2024-3-11 19:08:03

clock1993 发表于 2024-3-11 17:35
这个和氢原子没关系啊，-ignh只是让程序忽视了氢原子。你使用的是什么力场？要不试下换个力场或者用pdbfixe ...

感谢你的回复，我把15个力场都试了下都还是那个错误

喵星大佬 · 发表于 Post on 2024-3-12 01:26:33

你的HIS 180是末端残基，你如果用的是Amber力场你直接把HIS残基名改成CHID或者CHIE或者CHIP(根据你的HIS质子化状态确定)就行了

Liota · 发表于 Post on 2024-5-13 13:06:20

残基拓扑文件中都没有O1原子，怎么能对应的上尼？改成O

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[GROMACS] gmx pdb2gmx出现了Fatal error: Atom O1 in residue HIS 180 was not found in...