生成离子tpr文件时，提示No molecules were defined in the system

YuniJ · 发表于 Post on 2024-3-14 11:35:57

模拟蛋白酶-小分子体系时，通过gmx grompp生成离子时，提示No molecules were defined in the system，检查了拓扑文件和gro文件都没有错误，请问各位大佬应该如何解决？其中蛋白酶-小分子体系的拓扑文件是由mcpb.py文件生成的，使用的力场是蛋白酶（amber14sb）,小分子（GAFF），转为gromacs格式后溶剂化时添加的是-cs spc216.gro

Seyilaxa · 发表于 Post on 2024-3-14 13:19:06

本帖最后由 Seyilaxa 于 2024-3-14 13:27 编辑

检查[molecules]中是否每个分子名称都有对应的[moleculetype]，以及.gro文件中的分子和[molecules]字段中是否一致

YuniJ · 发表于 Post on 2024-3-14 13:32:00

Seyilaxa 发表于 2024-3-14 13:19
检查[molecules]中是否每个分子名称都有对应的[moleculetype]，以及.gro文件中的分子和[molecules]字段中是 ...

好的，谢谢您！

YuniJ · 发表于 Post on 2024-3-15 10:00:57

Seyilaxa 发表于 2024-3-14 13:19
检查[molecules]中是否每个分子名称都有对应的[moleculetype]，以及.gro文件中的分子和[molecules]字段中是 ...

大佬您好，我昨天完整的查了一遍，所有都一致，但是还是提示这个错误，请问您有其他解决的方法吗？

Seyilaxa · 发表于 Post on 2024-3-15 15:00:36

YuniJ 发表于 2024-3-15 10:00
大佬您好，我昨天完整的查了一遍，所有都一致，但是还是提示这个错误，请问您有其他解决的方法吗？

具体原因按帖子里的信息判断不出来，不过只能说大概率是拓扑文件和.gro文件的原因
我看1L的附件里没有溶剂分子，是否是溶剂化的步骤有问题呢

lky；；；； · 发表于 Post on 2024-8-23 14:25:12

请问这个问题解决了吗，是如何解决的呢，我也遇到了一样的问题

YuniJ · 发表于 Post on 2024-9-3 08:55:39

lky；；；；发表于 2024-8-23 14:25
请问这个问题解决了吗，是如何解决的呢，我也遇到了一样的问题

您好，我之后是把水分子的拓扑参数完整的写在了体系的拓扑文件中，解决了这个问题

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[GROMACS] 生成离子tpr文件时，提示No molecules were defined in the system

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