分子动力学模拟时候氢原子力场设置问题

KCM@SHU · 发表于 Post on 2024-3-14 16:34:41

本帖最后由 KCM@SHU 于 2024-3-21 10:18 编辑

我想请问一下各位老师，在做分子动力学模拟的时候氢原子的力场的LJ参数是要按0来算吗？我用ATB生成的有机物力场时候，接在碳原子上面的氢的力场用ATB生成的都不是0（编号20对应H原子），我是按他生成的力场来计算LJ参数还是都按0来算呢？我主要计算的是有机分子对于溶液中金属离子的吸附作用，顺带问一下做这种吸附计算的时候主要考虑哪些目标参数呢？比如自由能，MSD还有哪些目标参数可以考虑呢？

fhh2626 · 发表于 Post on 2024-3-14 17:52:20

没有听说过氢原子力场默认设置为零这个说法。

sobereva · 发表于 Post on 2024-3-14 21:21:12

“力场是都默认设置为零” 完全语义不明，都不知道你说的是原子电荷还是LJ参数、在哪看的

描述一定要尽可能具体，缺乏常识没能力描述清楚就贴截图

KCM@SHU · 发表于 Post on 2024-3-21 10:23:15

sobereva 发表于 2024-3-14 21:21
“力场是都默认设置为零” 完全语义不明，都不知道你说的是原子电荷还是LJ参数、在哪看的

描述一定要尽 ...

好的老师，我已经把问题重新修改一下了原始文件我也附进去了，我指的是LJ参数，我是用ATB生成的力场，其中那个Pair 20对应的是氢原子类型

KCM@SHU · 发表于 Post on 2024-3-21 10:24:16

fhh2626 发表于 2024-3-14 17:52
没有听说过氢原子力场默认设置为零这个说法。

是LJ参数，我记得之前好像在哪里看到过把氢的默认设置为0，我再查查

fhh2626 · 发表于 Post on 2024-3-21 10:30:58

KCM@SHU 发表于 2024-3-21 10:24
是LJ参数，我记得之前好像在哪里看到过把氢的默认设置为0，我再查查

没有这种说法。只有部分水模型中氢原子的LJ参数是0

sobereva · 发表于 Post on 2024-3-21 10:34:16

KCM@SHU 发表于 2024-3-21 10:24
是LJ参数，我记得之前好像在哪里看到过把氢的默认设置为0，我再查查

一些力场会把某些极性氢的原子类型的LJ参数定义为0，例如GAFF的羟基就是。具体可以看力场原文的说明确认

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[综合交流] 分子动力学模拟时候氢原子力场设置问题