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[GROMACS] 求助:鞣花酸模拟后分子一直聚集在一起

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楼主
本帖最后由 ngaoo 于 2024-3-16 08:17 编辑

老师,我的体系是有机分子(鞣花酸,所有的涉及到的分子已经做过构象搜索)分别在水,乙醇,低共熔剂体系中溶解。
已经做了能量最小化,npt,md(100ns的npt)
min.mdp (1.13 KB, 下载次数 Times of downloads: 0) md(100ns-npt) (2).mdp (1.68 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)
观看结构后发现分子不论在哪个体系都一直聚集在一起,实验得到的是低共熔剂体系鞣花酸分散的最好,可是模拟得到的结果却一直聚集在一起,和水、乙醇体系一样的分散情况
请老师指点指点?是否mdp文件的原因
mixbox.top (444 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 2)

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发表于 Post on 2024-3-15 20:02:35 | 只看该作者 Only view this author
这种事通常都是力场/拓扑文件原因,光上传mdp没用

没事甭自己改fourierspacing
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-15 20:24:55 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 ngaoo 于 2024-3-15 20:27 编辑
sobereva 发表于 2024-3-15 20:02
这种事通常都是力场/拓扑文件原因,光上传mdp没用

没事甭自己改fourierspacing

力场/拓扑文件我都是使用sobtop基于gaff力场生成的,运行时gromacs也没有报错,请老师再指点指点
老师那个mdp我给上传混肴了,运行的mdp文件里面fourierspacing就是默认的0.12,其他都没有变化

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发表于 Post on 2024-3-15 20:46:53 | 只看该作者 Only view this author
ngaoo 发表于 2024-3-15 20:24
力场/拓扑文件我都是使用sobtop基于gaff力场生成的,运行时gromacs也没有报错,请老师再指点指点
老师那 ...

拓扑文件都不上传,别人没法判断,是否存在硬伤(诸如没定义原子电荷)都不知道
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-21 14:14:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-3-15 20:46
拓扑文件都不上传,别人没法判断,是否存在硬伤(诸如没定义原子电荷)都不知道

老师,top文件上传了得啊

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