审稿意见求助

cgchen · 发表于 Post on 2016-11-4 16:33:40

大家好请教下审稿人意见该如何解释：

In the conclusionsection, the authors are making strong conclusions just based on MD numbers.But the reality is, these systems contains bunch of critical interactions whichis contributing to the adsorption energies. The only way to characterize thesecritical interactions with high accuracy to use QM calculation. Since the sizeof the systems are very large, I would recommend to perform QM/MM calculationon the active region to properly quantify the interactions. Alternatively,one can easily use the new technique "Fragment-based QuantumChemistry" to study these systems.

补充下：体系是研究在水溶液中一个低代的大分子与很多小分子之间的吸附作用。

提到了QM，可是体系的分子数很多，QM计算很不现实，我也不打算使用审稿人推荐的方法，好不好还不清楚，而且跟主题不相关哎。

欢迎大家出谋划策，谢谢啦~

sobereva · 发表于 Post on 2016-11-4 17:51:34

分子力学审稿人嫌太low就用半经验呗，高斯里用PM6D3，MOPAC利用PM7或PM6D3H4。见
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214

bomsaude · 发表于 Post on 2016-11-4 19:40:33

这审稿人的英语语法让人受不鸟了 ........ @#￥%%*（）^&

greatzdk · 发表于 Post on 2016-11-4 20:13:13

bomsaude 发表于 2016-11-4 19:40
这审稿人的英语语法让人受不鸟了 ........ @#￥%%*（）^&

确实有点那个

冰释之川 · 发表于 Post on 2016-11-5 08:19:55

灵魂语法……

cgchen · 发表于 Post on 2016-11-7 08:49:56

sobereva 发表于 2016-11-4 17:51
分子力学审稿人嫌太low就用半经验呗，高斯里用PM6D3，MOPAC利用PM7或PM6D3H4。见
大体系弱相互作用计算的 ...

好的谢谢sob老师

cgchen · 发表于 Post on 2016-11-7 08:50:13

bomsaude 发表于 2016-11-4 19:40
这审稿人的英语语法让人受不鸟了 ........ @#￥%%*（）^&

哈哈看完头晕

cgchen · 发表于 Post on 2016-11-24 16:38:29

本帖最后由 cgchen 于 2016-11-24 16:41 编辑

sobereva 发表于 2016-11-4 17:51
分子力学审稿人嫌太low就用半经验呗，高斯里用PM6D3，MOPAC利用PM7或PM6D3H4。见
大体系弱相互作用计算的 ...

sob老师打算采用MOPAC程序来计算大体系的相互作用
结构是在MS软件中构建的然后将.xtd转换为.XYZ，然后进行编辑转为.mop输入文件用MOPAC计算
1. 这个流程对吗？
2. 可以用MS优化好的结构在MOPAC中计算能量还是接着在MOPAC优化然后计算能量？
3. 半经验得到的能量与MD得出的能量如何比较二者？比准确？
4. 原文吸附能是由氢键、范德华和静电作用能组成，但审稿人提出的critical interactions whichis contributing to the adsorption energies ，这个是什么作用？如何描述？

问题蛮多的麻烦sob老师了

sobereva · 发表于 Post on 2016-11-24 16:57:56

cgchen 发表于 2016-11-24 16:38
sob老师打算采用MOPAC程序来计算大体系的相互作用
结构是在MS软件中构建的然后将.xtd转换为.XYZ，然后 ...

1 对
2 先用MOPAC优化
3 “MD得出的能量”意义不明。本来结构就是在波动的，每一帧能量都不同。如果你是指分子力场的能量，显然半经验准（前提是半经验选择得合适）
4 氢键和范德华、静电作用不是并列关系。氢键是表象，本质是静电主导的。如果要分开色散和静电贡献量，要做能量分解，这里提了
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252

cgchen · 发表于 Post on 2016-12-12 15:09:28

sobereva 发表于 2016-11-24 16:57
1 对
2 先用MOPAC优化
3 “MD得出的能量”意义不明。本来结构就是在波动的，每一帧能量都不同。如果 ...

谢谢 sob老师。

cgchen · 发表于 Post on 2016-12-12 15:11:57

sobereva 发表于 2016-11-24 16:57
1 对
2 先用MOPAC优化
3 “MD得出的能量”意义不明。本来结构就是在波动的，每一帧能量都不同。如果 ...

sob老师还有一个问题审稿人要求给出计算的吸附能的 error bars。算了下数据的RSD都小于5%，给他具体的RSD值能否满足要求？

sobereva · 发表于 Post on 2016-12-12 17:21:01

cgchen 发表于 2016-12-12 15:11
sob老师还有一个问题审稿人要求给出计算的吸附能的 error bars。算了下数据的RSD都小于5%，给他具体的R ...

应该可以

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