求助分子动力学模拟平衡态和非平衡态的理解？

zhangfaxue

我理解的通常模拟过程包括以下几个步骤：
1、能量极小化
2、预平衡，或者叫平衡相（equilibrium）
3、产生相（production）
（2、3也可以合成一个过程）
我理解的是，也就是说在体系平衡前也就是前面能量极小化和预平衡阶段都叫做非平衡态，那我在结果分析的过程中非平衡态有意义吗？他是一个描述实际的分子运动过程还是仅仅为实现md或者说满足分子模拟的某种需求 （原谅我表述不清楚我的意思）而产生的某个必要过程，但是对实际没有意义？
举例：我要研究分子在界面的行为，我的体系进行了上述 三个过程的模拟，最后我在分析体系的density、rdf、hbond、energy等等，应该是对平衡过程（比如达到平衡后的最后几十ns），还是对整个非平衡和平衡过程分析？分析选区的时间段范围对结果会产生什么样的影响呢？

sobereva

平衡态有不同含义。对于静态计算，势能面极小点算是平衡结构，如果能量极小化做得充分，可以说达到了平衡位置。而对于动力学来说，平衡态是一种热力学上平衡的状态，平衡相的前期显然没达到这点。

如果你关心的是体系已平衡状态下的密度、rdf等信息，显然是对产生相做的。就算2、3不做区分，也需要监控各种信息（温度、压力、密度、粒子分布等，参考下文）判断从哪个时刻起体系实质上已经平衡了，并对此后的阶段进行统计。
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627（http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html）

zhangfaxue

sobereva 发表于 2024-3-21 11:16
平衡态有不同含义。对于静态计算，势能面极小点算是平衡结构，如果能量极小化做得充分，可以说达到了平衡位 ...

谢谢老师！