求助：CP2K计算水分子在石墨烯表面的AIMD模拟SCF不收敛

小congcong · 发表于 Post on 2024-3-21 16:04:19

本帖最后由小congcong 于 2024-3-21 16:23 编辑

各位社友好，近期算的体系是一个改性的石墨烯表面（引入了醚键）对其优化后，加入了50个水分子和1个H2O2分子，最终盒子边长（12.3 12.8 20），然后用CP2K跑AIMD中途出现SCF不收敛，我试了很多办法（改K点，cutoff,缩短步长等）还是不行。输入文件是用multiwfn生成的，用的方法是DIAG，3*3*1个K点，开启了smearing,步长0.5fs，cutoff 400,rel_cutoff 60,基组为SZV-MOLOPT_SR-GTH 详细的参数见上传的输入文件。难道是因为只优化了石墨烯表面，加水后没有优化整体结构吗？我想看的是H2O2的迁移轨迹并不想考察体系平衡后的性质，此时是不是没有必要预平衡（结构优化）？

丁越 · 发表于 Post on 2024-3-21 16:51:24

&POISSON
PERIODIC XY #Direction(s) of PBC for calculating electrostatics
PSOLVER MT #The way to solve Poisson equation

你这是充满水的盒子，用二维周期性毫无道理，改成XYZ三维周期性

SZV-MOLOPT-SR-GTH基组太垃圾，你这个体系这么小，最起码DZVP

上面两条改了后，试试OT能不能收敛，遇到收敛问题再尝试对角化。

sobereva · 发表于 Post on 2024-3-21 17:12:00

MT当XY二维周期性计算要求Z方向盒子尺寸是Z方向有电子密度分布跨度的至少两倍，当前完全不符合这个要求，明显是你自己乱改了Multiwfn产生的输入文件

小congcong · 发表于 Post on 2024-3-21 17:26:56

本帖最后由小congcong 于 2024-3-21 18:16 编辑

sobereva 发表于 2024-3-21 17:12
MT当XY二维周期性计算要求Z方向盒子尺寸是Z方向有电子密度分布跨度的至少两倍，当前完全不符合这个要求，明 ...

原来如此，谢谢老师，我的确在生成的inp里私自修改了Z方向上的边长改回Multiwfn自动生成的Z方向上的盒子边长后成功收敛了！

小congcong · 发表于 Post on 2024-3-21 20:56:23

丁越发表于 2024-3-21 16:51
你这是充满水的盒子，用二维周期性毫无道理，改成XYZ三维周期性

SZV-MOLOPT-SR-GTH基组太垃圾，你这个 ...

老师您好我按照您的修改了基组和OT算法但是不理解为什么Z方向上有周期性如果Z方向上有周期性那样岂不是变成了小分子在石墨烯层与层之间的运动饿哦只是想研究石墨烯表面活性位点对于H2O2分子运动的影响

丁越 · 发表于 Post on 2024-3-22 12:08:47

本帖最后由丁越于 2024-3-22 12:10 编辑

小congcong 发表于 2024-3-21 20:56
老师您好我按照您的修改了基组和OT算法但是不理解为什么Z方向上有周期性如果Z方向上有周期性那样岂不 ...

你的盒子本来就是在XYZ三个方向上无限重复延展的，PERIODIC=XY关键词只是修改了沿着Z方向与镜像粒子之间的相互作用，使得这种虚假的相互作用尽可能消除，所以并不是消除了盒子本身的PBC属性。

小congcong · 发表于 Post on 2024-3-22 16:16:27

丁越发表于 2024-3-22 12:08
你的盒子本来就是在XYZ三个方向上无限重复延展的，PERIODIC=XY关键词只是修改了沿着Z方向与镜像粒子之间 ...

好的谢谢老师！

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