slurm提交vasp作业，作业会堆到同样的核心上

sobereva · 发表于 Post on 2024-4-14 02:32:06

讨论技术问题就事论事，别扯到个人上。保持理性、技术层面的交流，违规者禁言处理

乘风万里 · 发表于 Post on 2024-4-19 11:01:46

本帖最后由乘风万里于 2024-4-19 11:14 编辑

你认为是你用的mpirun的原因，正常应该是srun --mpi=pmi2 vasp_gam。之前有人问过我类似的问题，改成srun --mpi=pmi2 可以解决。而且AMD的VASP兼容性没有大的问题，因为目前大的公司采购的大多数都是AMD的服务器，比如各种xx云，我在上面运行各种VASP还没发现你说的问题。
具体MPI任务以什么方式启动，需要看你Slurm跟MPI的兼容性。
参考资料：
1. https://hpc-uit.readthedocs.io/e ... nning_mpi_jobs.html
2. https://hpclib.com/hpc/Scheduler/Slurm/mpi_guide.html

lue611 · 发表于 Post on 2024-4-20 17:30:39

乘风万里发表于 2024-4-19 11:01
你认为是你用的mpirun的原因，正常应该是srun --mpi=pmi2 vasp_gam。之前有人问过我类似的问题，改成srun - ...

试过这个，核心分配也是正常的，但是计算速度似乎和一个核心在跑差不多。。。

chantau · 发表于 Post on 2024-4-22 15:55:49

本帖最后由 chantau 于 2024-4-23 14:12 编辑

lue611 发表于 2024-4-13 17:24
amd工程师是厂商联系的，他们的公司规模不算小，肯定能联系到比你水平强的
然后是，厂商在amd和intel上 ...

厂商的责任心要画一个大大的问号好吧

lue611 · 发表于 Post on 2024-4-23 11:49:26

chantau 发表于 2024-4-22 15:55
厂商的责任心要到一个大大的问号好吧

如果他们调不好的话肯定要退货换成intel的

乐平 · 发表于 Post on 2024-5-4 16:31:22

乘风万里发表于 2024-4-19 11:01
你认为是你用的mpirun的原因，正常应该是srun --mpi=pmi2 vasp_gam。之前有人问过我类似的问题，改成srun - ...

借楼讨论一下

OpenMPI 官网上的说法似乎跟 srun 有矛盾。OpenMPI 官方网推荐用 mpirun 来提交任务，反而不建议用 srun 来提交任务。

链接如下
https://docs.open-mpi.org/en/v5.0.x/launching-apps/slurm.html

乘风万里 · 发表于 Post on 2024-5-5 00:58:00

乐平发表于 2024-5-4 16:31
借楼讨论一下

OpenMPI 官网上的说法似乎跟 srun 有矛盾。OpenMPI 官方网推荐用 mpirun 来提交任务，反 ...

对的，我发的第一个链接中说了这个问题， Intel MPI 的有些版本下Slurm跟mpirun不兼容，OpenMPI的有些版本下Slurm跟srun不兼容。我的意思是想解释这个问题不是AMD CPU的锅，而是MPI跟Slurm的兼容性问题...比如编译个Intel MPI 版本的VASP测试，或者把srun --mpi=pmi2跟mpirun都试试。

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