mokit算例运行报错ERROR in subrouitine submit_pyscf_job: PySCF job failed.

j5888xm · 发表于 Post on 2024-3-22 23:12:35

已知，我已经按照Jingxiang Zou老师的这个帖子离线安装PySCF-2.x.md · main · Jingxiang Zou / qc_install_tutorials · GitLab正确安装了PySCF 2.2.1，文中ccsd(T)算例运行正常结束并输出能量。

但是我在automr的算例中，高斯计算HF正常结束，调用pyscf板块时出现错误，报错文件贴在下方，包含原始gjf输入文件，报错out文件，PySCF中途生成的py文件和PySCF的out文件，恳请各位老师解惑，谢谢老师们

zjxitcc · 发表于 Post on 2024-3-23 09:41:07

说明一下你是以何种方式安装的MOKIT（conda联网安装/下载预编译版/自己从源码编译）；你的MOKIT环境变量是啥样。

j5888xm · 发表于 Post on 2024-3-23 11:19:51

zjxitcc 发表于 2024-3-23 09:41
说明一下你是以何种方式安装的MOKIT（conda联网安装/下载预编译版/自己从源码编译）；你的MOKIT环境变量是 ...

嗯嗯老师，我是以下载预编译版本安装的Mokit，我的环境变量如下所示：

# mokit
export MOKIT_ROOT=/export/home/shiyb/app/mokit39
export PATH=$MOKIT_ROOT/bin:$PATH
export PYTHONPATH=$MOKIT_ROOT:$PYTHONPATH
export LD_LIBRARY_PATH=$MOKIT_ROOT/mokit/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export GMS=/export/home/shiyb/app/gamess/rungms

目前可以使用mokit正常从Gaussian，ORCA，Openmolcas中传轨道，但是automr会报错，谢谢老师解答

zjxitcc · 发表于 Post on 2024-3-23 11:27:15

j5888xm 发表于 2024-3-23 11:19
嗯嗯老师，我是以下载预编译版本安装的Mokit，我的环境变量如下所示：

# mokit

运行一下这两行，截图展示一下结果
ls $MOKIT_ROOT/mokit/lib
python --version

j5888xm · 发表于 Post on 2024-3-23 12:00:18

本帖最后由 j5888xm 于 2024-3-23 12:02 编辑

zjxitcc 发表于 2024-3-23 11:27
运行一下这两行，截图展示一下结果
ls $MOKIT_ROOT/mokit/lib
python --version

好的老师，十分感谢，麻烦您看一下

zjxitcc · 发表于 Post on 2024-3-23 12:17:41

j5888xm 发表于 2024-3-23 12:00
好的老师，十分感谢，麻烦您看一下

你下载的mokit预编译版是python 3.9版本的，然而你当前python版本为3.10，二者不匹配。有三种办法，你自己选一种：
（1）使用对应python 3.10的预编译版mokit，这里可以下载，py310_gcc10。
（2）创建一个python 3.9的虚拟环境，以后都在这个虚拟环境中运行mokit-py3.9，例如运行
conda create -n mokit-py39 python=3.9
conda activate mokit-py39
（3）下载MOKIT源码压缩包，自己在python 3.10的环境下编译一下。

j5888xm · 发表于 Post on 2024-3-25 22:20:03

zjxitcc 发表于 2024-3-23 12:17
你下载的mokit预编译版是python 3.9版本的，然而你当前python版本为3.10，二者不匹配。有三种办法，你自 ...

谢谢老师解答，预编译版python3.10不支持CentOS 7，所以我从源码编译了，遇到了如下问题：

一、使用 ifort+MKL编译时，C99报错
error: ‘for’ loop initial declarations are only allowed in C99 mode for (int i = 0; i < rank; ++i) {
^
提示应该在代码中加入-std=c99，这个应该加在Makefile的什么地方呢？

二、使用gfortran+OpenBLAS编译时，链接报了如下的错误
add_bgcharge_to_inp.f90:(.text+0x69a5): undefined reference to `for_trim'
add_bgcharge_to_inp.f90:(.text+0x6a22): undefined reference to `for_open'
add_bgcharge_to_inp.f90:(.text+0x6a76): undefined reference to `for_write_seq_fmt'
add_bgcharge_to_inp.f90:(.text+0x6b0c): undefined reference to `for_write_seq_fmt'
add_bgcharge_to_inp.f90:(.text+0x6b74): undefined reference to `for_write_seq_fmt'
add_bgcharge_to_inp.f90:(.text+0x6ba1): undefined reference to `for_close'
collect2: error: ld returned 1 exit status
make: *** [add_bgcharge_to_inp] Error 1

这种编译我也没整明白，这种情况应该如何解决呢？

麻烦老师指点一下迷津，太感谢了

zjxitcc · 发表于 Post on 2024-3-25 22:39:52

j5888xm 发表于 2024-3-25 22:20
谢谢老师解答，预编译版python3.10不支持CentOS 7，所以我从源码编译了，遇到了如下问题：

一、使用 i ...

你试试能否使用gcc/gfortran+MKL编译，即make -f Makefile.gnu_mkl

j5888xm · 发表于 Post on 2024-3-26 10:48:48

本帖最后由 j5888xm 于 2024-3-26 10:54 编辑

zjxitcc 发表于 2024-3-25 22:39
你试试能否使用gcc/gfortran+MKL编译，即make -f Makefile.gnu_mkl

老师您好，还是报了相同的错误
add_bgcharge_to_inp.o: In function `add_bgcharge_to_qchem_inp_':
add_bgcharge_to_inp.f90:(.text+0x69a5): undefined reference to `for_trim'
add_bgcharge_to_inp.f90:(.text+0x6a22): undefined reference to `for_open'
add_bgcharge_to_inp.f90:(.text+0x6a76): undefined reference to `for_write_seq_fmt'
add_bgcharge_to_inp.f90:(.text+0x6b0c): undefined reference to `for_write_seq_fmt'
add_bgcharge_to_inp.f90:(.text+0x6b74): undefined reference to `for_write_seq_fmt'
add_bgcharge_to_inp.f90:(.text+0x6ba1): undefined reference to `for_close'
collect2: error: ld returned 1 exit status
make: *** [add_bgcharge_to_inp] Error 1

要不我还是把python降一下级试试吧

zjxitcc · 发表于 Post on 2024-3-26 10:59:15

j5888xm 发表于 2024-3-26 10:48
老师您好，还是报了相同的错误
add_bgcharge_to_inp.o: In function `add_bgcharge_to_qchem_inp_':
ad ...

用conda新创一个虚拟环境就行，不用改动自己安装的python
conda create -n mokit-py39 python=3.9
conda activate mokit-py39

j5888xm · 发表于 Post on 2024-3-26 11:13:40

j5888xm 发表于 2024-3-26 10:48
老师您好，还是报了相同的错误
add_bgcharge_to_inp.o: In function `add_bgcharge_to_qchem_inp_':
ad ...

谢谢老师，我刚才用make all CFLAGS=-std=c99解决了C99报错的原因，已经使用ifort+MKL编译成功了，再次感谢老师

Xx_DerEnTh · 发表于 Post on 2025-5-12 18:30:57

本帖最后由 Xx_DerEnTh 于 2025-5-12 20:49 编辑

zjxitcc 发表于 2024-3-23 12:17
你下载的mokit预编译版是python 3.9版本的，然而你当前python版本为3.10，二者不匹配。有三种办法，你自 ...

邹老师您好！我在做您在其他帖子回复的UCCSD生成非弛豫自然轨道的操作（图1），也出现了这样的报错：“ERROR in subrouitine submit_pyscf_job: PySCF job failed.
Please open file Re_uhf_CC.out and check.”。我是用源码编译安装的MOKIT，用automr做CASSCF那一套流程能够正常运行。我的ls $MOKIT_ROOT/mokit/lib和
python --version如图2所示，环境如图3所示，Re_uhf_CC.out文件末尾有"ValueError: cannot reshape array of size 1341395 into shape (113,113)"这样的报错，请教老师我这个问题是出在哪里

hebrewsnabla · 发表于 Post on 2025-5-12 19:26:35

Xx_DerEnTh 发表于 2025-5-12 18:30
邹老师您好！我在做您在其他帖子回复的UCCSD生成非弛豫自然轨道的操作（图1），也出现了这样的报错：“ER ...

展示一下完整报错和输入文件。

Xx_DerEnTh · 发表于 Post on 2025-5-12 20:51:49

hebrewsnabla 发表于 2025-5-12 19:26
展示一下完整报错和输入文件。

感谢老师回复，我重新编辑了一次，上传了输入输出文件

hebrewsnabla · 发表于 Post on 2025-5-12 21:36:51

Xx_DerEnTh 发表于 2025-5-12 20:51
感谢老师回复，我重新编辑了一次，上传了输入输出文件

是mokit的bug，我们研究一下。

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[辅助/分析程序] mokit算例运行报错ERROR in subrouitine submit_pyscf_job: PySCF job failed.

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