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[新手求助] 求教优化400个原子的S1态几何结构快速方法

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如题,有一个400个原子的大分子需要优化S1态的几何结构,目前使用 Gaussian tddft wB97X-D 6-31G(d,p),算了好几天了,还没收敛,目前大概跑了90步,起始结构使用了基态的结构,看输出文件是逐渐在收敛。
想求教一下有没有快一点的方法呢,比如说类似于xtb这样,精度其实不用很高。用ORCA太吃内存了,64核512G内存都不够用,一算到激发态就报错内存不够。
谢谢各位老师。

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发表于 Post on 2024-3-23 14:56:34 | 只看该作者 Only view this author
如果是有机/生物体系,可以用GEBF-TDDFT(https://itcc.nju.edu.cn/lsqc)
自动做多参考态计算的程序MOKIT

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发表于 Post on 2024-3-23 15:50:42 | 只看该作者 Only view this author
实际用个32核 每核12800MB ORCA也能报错的吗 也还可以再降低核数多给内存…… 我wb97x-D3/def2SVP/nroots=6算过一个300原子的纯有机分子的激发态 用9600MB/核轻松算下去了。

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发表于 Post on 2024-3-23 16:29:29 | 只看该作者 Only view this author
orca总内存固定的情况下,减少核数,对解决内存不够问题有一定帮助。因为orca计算需要的很多量都是给每个核各存一份的,减少核数可以减少内存总消耗
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2024-3-23 21:44:47 | 只看该作者 Only view this author
S1激发不会牵扯到整体各个地方,很多情况都可以简化体系,诸如把长烃链简化为甲基、甲基简化为氢等等来节约原子数。并且很不重要的地方也可以用3-21G档次的基组。具体怎么做没具体结构没法判断。氢的极化函数对于算激发态一般不需要加,即便加也只对关键地方加就够了。

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北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-24 00:59:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-3-23 21:44
S1激发不会牵扯到整体各个地方,很多情况都可以简化体系,诸如把长烃链简化为甲基、甲基简化为氢等等来节约 ...

谢谢sob老师,烷基链已经简化为甲基了,我想着都用了杂化泛函了,至少也用个6-31。sob老师的意思是就只用6-31g(d)是吗?
另外想问下sob老师,TDDFT计算可以用纯泛函优化激发态结构吗?比如b97-3c r2scan-3c,精度要求不高的情况下。
谢谢sob老师。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-24 01:00:16 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-3-23 16:29
orca总内存固定的情况下,减少核数,对解决内存不够问题有一定帮助。因为orca计算需要的很多量都是给每个核 ...

是的,一开始也想着降核用ORCA,但高斯能算,我想用64核怎么也比orca32核快点。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-24 01:01:03 | 只看该作者 Only view this author
KSeGaSn 发表于 2024-3-23 15:50
实际用个32核 每核12800MB ORCA也能报错的吗 也还可以再降低核数多给内存…… 我wb97x-D3/def2SVP/nroots=6 ...

我想这用高斯64核肯定比ORCA32快就用Gaussian了。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-24 01:01:24 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2024-3-23 14:56
如果是有机/生物体系,可以用GEBF-TDDFT(https://itcc.nju.edu.cn/lsqc)

感谢推荐,有空学习一下~

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发表于 Post on 2024-3-24 11:09:17 | 只看该作者 Only view this author
qinsc 发表于 2024-3-24 00:59
谢谢sob老师,烷基链已经简化为甲基了,我想着都用了杂化泛函了,至少也用个6-31。sob老师的意思是就只用 ...

重要的地方6-31G*,不重要的地方还可以用我前面说的更便宜的。而且相对不重要的碳用6-31G往往也可以接受,它对极化函数的要求没杂原子那么高
如果是CT态,B3LYP这种HF成份的泛函都往往定性错误,纯泛函就更不靠谱了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-24 13:51:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-3-24 11:09
重要的地方6-31G*,不重要的地方还可以用我前面说的更便宜的。而且相对不重要的碳用6-31G往往也可以接受 ...

明白了,谢谢sob老师。

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