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计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 分子模拟 (Molecular Modeling) › gmx rmsd 曲线波动异常大
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[GROMACS] gmx rmsd 曲线波动异常大

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ydq

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发表于 Post on 2024-3-26 19:14:04 | 只看该作者 Only view this author |只看大图 View big picture 回帖奖励 |倒序浏览 Reverse view |阅读模式 Reading model
各位老师，我算的是纤维素在溶剂中溶解的rmsd ，但这图象波动到后半段异常的大，轨迹也振动的厉害，有什么办法能让他更加平滑的收敛吗？（附md.mdp）

800131B8BAC26606DE0D55BFC7148E15.png (21.85 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

800131B8BAC26606DE0D55BFC7148E15.png

md.mdp

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Liota

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发表于 Post on 2024-5-13 20:17:48 | 只看该作者 Only view this author
大概率是因为周期性边界条件引起的
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