吸附能应该以单胞的结果还是超胞上的为准？

卡开发发

lwj 发表于 2016-11-15 20:22
我刚算了一个28A的，相同的添加分子方式，优化后接近躺着吸附，斜得比较厉害，吸附能与30A比较接近，但是 ...

加上偶极修正看一下，如果还不行把东西打包传来。

lwj

卡开发发 发表于 2016-11-15 21:22
加上偶极修正看一下，如果还不行把东西打包传来。

我一直都是用了偶极修正。。

lwj

卡开发发 发表于 2016-11-15 21:22
加上偶极修正看一下，如果还不行把东西打包传来。

算了35A的，结果仍然存在问题，我先整理一下数据，明天向老师汇报，汇报之后整理一下打包。

lwj

lwj 发表于 2016-11-15 22:44
我一直都是用了偶极修正。。

我今天和老师讨论后，我想可能是因为真空层增加后吸附结构变化使结果没有对比性，而我要测试的就是真空层厚度对两层之间以及吸附的分子之间作用影响，能不能直接添加分子，不优化直接算能量，通过体系能量变化判断真空层是否足够，这样行吗？
PS:我将分子竖着是因为这个构型是分子与另一层距离最近的结构，如果这样能保证真空层足够，那么其他吸附构型也就满足了。

卡开发发

lwj 发表于 2016-11-17 14:18
我今天和老师讨论后，我想可能是因为真空层增加后吸附结构变化使结果没有对比性，而我要测试的就是真空层 ...

1、可行，实际上不必每个层高下都做结构优化，比较一下单点能就行，当然，更严格的话我们可以把gradient算出来（Calculate手工改成gradient）和能量一样进行层高的收敛性测试。

2、

优化后由直立变成了斜着的（25A及以下优化后直立），吸附能比25A增加70%多，是不是之前的真空层不够，受另一层的作用才形成直立吸附？

你发来的输出文件我看了，所以很早就建议你把输出文件发上来，你可以看到25A以下你采用的k-points是:

# Kpoint definition file (intervals/offset):                                                                                        <--
Kpoints                       file     9 9 1 0.0000 0.0000 0.0000                                                                   <--
00125-.kpoints                                                               

到了28A以上的时候：

# Kpoint definition file (intervals/offset):                                                                                        <--
Kpoints                       file     5 5 1 0.0000 0.0000 0.0000                                                                   <--
00128.kpoints

我想这个差异应该是由k-points不同所导致的，所以你可以看到k-points同样应当严格测试，马虎不得。
3、还有，smearing我并不建议使用到0.003以上，你可以测试一下，检查一下

-kTS_e=

是否足够小，以及multipolar expansion使用oct和hex的能量差别是否在可接受的范围内，否则尽可能选择hex。

lwj

卡开发发 发表于 2016-11-17 19:53
1、可行，实际上不必每个层高下都做结构优化，比较一下单点能就行，当然，更严格的话我们可以把gradient ...

老师，非常感谢您的分析。不过第二个是我文件传错了，我把能量做了图，25A的能量变化趋势有问题，就用更高的K点算了一次，能量差为2×10^-7Ha，整理的时候的时候选错了，参数都是一致的，所以我觉得还是用吸附能做指标方法的问题，变量太多了。谢谢您的建议。另外gradient是直接在input文件改，还是计算出能量再自己手工算？

卡开发发

lwj 发表于 2016-11-18 08:04
老师，非常感谢您的分析。不过第二个是我文件传错了，我把能量做了图，25A的能量变化趋势有问题，就用更 ...

一般还是看相同结构的单点，简单而且影响的因素少。我没记错的话如果input中把calculate改成gradient的话应该能输出force。你再比较一下force的收敛性能，如果也是和能量这样差别这么大的话，只能认为DMol3中的dipole correction方法的对真空层收敛速度太慢。如果是这样的话，我建议再做一个更大的真空层看看差别，不过DMol3真空层增加对计算时间的增加微乎其微。

lwj

卡开发发 发表于 2016-11-18 10:14
一般还是看相同结构的单点，简单而且影响的因素少。我没记错的话如果input中把calculate改成gradient的话 ...

改成了gradient,结果里没有force.我按昨天的方案计算了能量,我现在打算拟合一个曲线,找到dE/dr<2*10-3Ha/A(离子间作用力),不过结果都是dE/dr在10-5Ha/A数量级,甚至30A后,平均的dE/dr小于10-5这一数量级,而且变化趋势也符合得很好.另外老师然我定一个收敛标准,所以我在想从那个点出发比较好,比如变化能量占的百分比还是能量变化小于某个值就行了.另外您建议用Hex代替Oct,可能因为初始结构没有用Hex优化,计算能量250圈能量只收敛到2*10-3左右.

卡开发发

lwj 发表于 2016-11-18 11:37
改成了gradient,结果里没有force.我按昨天的方案计算了能量,我现在打算拟合一个曲线,找到dE/dr

哦，记错了，不能够直接得到force。但是可以从这里换算出force

DFT-D corrected derivatives:
DERIVATIVES (au)

后三列xyz是导数，可以写个简单脚本或者程序处理，算出每个原子的force，然后取max force或者rms force作为比较好了。一般python或者bash几乎都可以很简单地解决，如果实在搞不定再联系。
我一般的经验，真空层应该能量不用收敛到这么严格，你可以关注一下force的变化。

lwj

卡开发发 发表于 2016-11-18 12:13
哦，记错了，不能够直接得到force。但是可以从这里换算出force

后三列xyz是导数，可以写个简单脚本或 ...

好的，谢谢您。

lwj

卡开发发 发表于 2016-11-18 12:13
哦，记错了，不能够直接得到force。但是可以从这里换算出force

后三列xyz是导数，可以写个简单脚本或 ...

不得不像您之前说的想吐槽一下DMol3，中间加CO2后，大于15A之后体系能量变化更慢，也就是说作用力更小，有点让人想不通，不知道是不是和电荷分布变化有关。过了15A之后变化趋势还反过来了

卡开发发

lwj 发表于 2016-11-19 09:25
不得不像您之前说的想吐槽一下DMol3，中间加CO2后，大于15A之后体系能量变化更慢，也就是说作用力更小， ...

实在不行你就直接把真空层取得足够大，也只能认为足够大的真空得到的结果可靠罢了。

lwj

卡开发发 发表于 2016-11-19 11:14
实在不行你就直接把真空层取得足够大，也只能认为足够大的真空得到的结果可靠罢了。

谢谢您的建议，其实在15A之后能量变化在0.001eV以内（15A和35A的差）。基本认为是收敛了，只不过我有强迫症，总想弄清楚。

卡开发发

lwj 发表于 2016-11-19 11:25
谢谢您的建议，其实在15A之后能量变化在0.001eV以内（15A和35A的差）。基本认为是收敛了，只不过我有强迫 ...

但是现在确实做出来吸附构型不同？我想还是检查一下force会比较保险。

lwj

卡开发发 发表于 2016-11-19 12:32
但是现在确实做出来吸附构型不同？我想还是检查一下force会比较保险。

好的，我试一下。