搜索过渡态时加入了显示水溶剂做了NVT动力学计算后是否还需要进行结构优化？

科研好难 · 发表于 Post on 2024-3-29 22:00:39

各位老师好，我用CP2K在计算一个催化反应在水溶剂中的反应机理（反应物是含笨环有机物，催化剂是mgo，都是固体），我了解到可以用GROMACS的insert-molecules把指定数量的水分子插入到盒子的真空区里以模拟水溶剂环境，我在真空的最低能量吸附构型中插入水分子之后遇到几个不懂的问题，望各位老师帮我解答一下，非常感谢！

1、我将水加入到盒子里后，为了节约计算耗时和内存，我可以把远离催化剂和分子的水删除吗？得到如图1所示的效果。
2、我将水加入到盒子后做NVT动力学计算时，为模拟真实情况，压力和温度是否要设的和实验条件一样？
3、NVT计算后我要接着做CI-NEB过渡态搜索，请问在过渡态搜索前是否还需要对NVT得到的结构进行结构优化？
4、后续在反应物结构基础上修改得到的产物结构也要进行NVT的动力学计算吗？还是直接结构优化就可以了？

sobereva · 发表于 Post on 2024-3-30 03:56:14

可以。对于纯泛函，耗时很大程度取决于格点数，删水分子未必节约得了多少耗时。实测便知

温度需要。NVT没法控压，让水能包住反应物就算达到目的了

最好优化

完全取决于跑动力学的目的何在。自行根据实际目的和要求决定

科研好难 · 发表于 Post on 2024-3-30 10:06:58

sobereva 发表于 2024-3-30 03:56
可以。对于纯泛函，耗时很大程度取决于格点数，删水分子未必节约得了多少耗时。实测便知

温度需要。NVT ...

好的，谢谢sob老师的耐心解答！

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