Gromacs模拟崩溃求助

Free-standing · 发表于 Post on 2024-4-1 10:43:08

在使用gromacs进行npt过程的模拟时出现了如下报错：

Fatal error:
1 particles communicated to PME rank 14 are more than 2/3 times the cut-off
out of the domain decomposition cell of their charge group in dimension y.
This usually means that your system is not well equilibrated.
在进行npt之前进行了em能量最小化处理，几乎把能试过的都试过了还是不行，希望大佬帮我看看

em.mdp (1.03 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

em.gro (319.66 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

DFBOP_sigepi.itp (459 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 1)

DFBOP.itp (12.16 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

EMC_sigepi.itp (520 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 2)

EMC.itp (8.96 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

box01.top (395 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 6)

LII.itp (355 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 4)

box01.gro (319.7 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

slurm-3596473.out (18.21 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

eq_npt2.mdp (1.22 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

Free-standing · 发表于 Post on 2024-4-1 10:58:33

其中DFBOP的gro和itp文件都是使用http://sobereva.com/soft/Sobtop/#ex4中的第一种方法生成的

Lance先生 · 发表于 Post on 2024-4-1 14:19:38

https://www.researchgate.net/pos ... ny_solution_to_this
你可以看看这个网址

Free-standing · 发表于 Post on 2024-4-1 15:16:00

Lance先生发表于 2024-4-1 14:19
https://www.researchgate.net/post/Molecular_Dynamic_Simulation_error_in_GROMACS_version_20201_PME_ra ...

感谢！我之前根据这个网站都排查过了，还是没找到原因

sobereva · 发表于 Post on 2024-4-3 19:01:14

按http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8说的，由简到繁一点点排查

chuxuedexiaobai · 发表于 Post on 2024-4-17 21:09:49

我也遇到了，然后排查还是解决不了

Free-standing · 发表于 Post on 2024-7-8 18:29:06

最后发现是PF6的拓扑文件有错误，感谢大家！

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