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[Lammps] lammps模拟过程中出现警告求大佬指教

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1. OMP_NUM_THREADS environment is not set. Defaulting to 1 thread. (src/comm.cpp:98) 这个会对模拟过程有影响吗
2. 另在log文件中出现了4次WARNING: Using a manybody potential with bonds/angles/dihedrals and special_bond exclusions (src/pair.cpp:242),这个要怎么解决呢
3. 除此之外还想问:我目前正在学习lammps模拟水结冰的内容,但是各视频网站关于这方面很少,有大佬推荐一下学习网站吗;还有就是目前根据in文件和data文件已经算出了几个例子,下载了OVITO,怎么看例子是否成功了呢?

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发表于 Post on 2024-4-3 19:03:42 | 只看该作者 Only view this author
1 这个环境变量控制OpenMP并行时的进程数。我不用lammps,如果当前的并行完全是靠OpenMP实现的,当前情况相当于没并行计算,效率自然很低。运行export OMP_NUM_THREADS=N设N核并行

3 这种问题用GROMACS适合得多,速度远比lammps快得多得多,用户也远多于lammps,如果没有绝对必要非得用lammps,那么强烈建议改用和改学GROMACS。北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)里就有现成的模拟水结冰的例子,内容介绍里写了:
之后专门介绍冰的模拟,包括冰的结构构建方法、用VMD展现氢键分布方法、升温对冰的状态影响的考察、结冰过程的模拟等,顺便介绍强大的生成冰结构的程序genice2的使用方法。顺便通过冰晶胞的强制伸展过程的动力学模拟、冰的剪切过程的动力学模拟来演示deform功能的使用和意义。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2025-1-7 23:18:38 | 只看该作者 Only view this author
请问问题解决了吗?我想问一下,使用lammps模拟水结冰,nvt弛豫后,水分子生成有序六角冰晶的命令是什么?可以分享一下吗?谢谢。

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