求助：gromacs里面怎么求分子之间的静电作用，范德华力和氢键？

jisuan666888 · 发表于 Post on 2024-4-2 08:53:32

求助：目前在学习gromacs，进入初级阶段，想学习gromacs里面怎么求分子之间的静电作用，范德华力和氢键。麻烦大家帮忙解答下，不甚感激。

Lance先生 · 发表于 Post on 2024-4-2 09:45:12

做完md之后，可以在.edr文件中提取出来

jisuan666888 · 发表于 Post on 2024-4-2 10:26:27

Lance先生发表于 2024-4-2 09:45
做完md之后，可以在.edr文件中提取出来

mdp里把要考察的分子定义成energy groups，跑完之后在edr文件里就有它们之间的范德华作用能，用gmx energy提取出来即可？？？有没有相关的列子学习下？

Lance先生 · 发表于 Post on 2024-4-2 10:28:36

jisuan666888 发表于 2024-4-2 10:26
mdp里把要考察的分子定义成energy groups，跑完之后在edr文件里就有它们之间的范德华作用能，用gmx energ ...

不用定义组吧，你是做哪方面的？

jisuan666888 · 发表于 Post on 2024-4-2 10:35:11

Lance先生发表于 2024-4-2 10:28
不用定义组吧，你是做哪方面的？

我就计算一个聚合物和植酸在水溶液环境下，之间的静电作用，范德华作用和氢键。

Lance先生 · 发表于 Post on 2024-4-2 10:43:36

jisuan666888 发表于 2024-4-2 10:35
我就计算一个聚合物和植酸在水溶液环境下，之间的静电作用，范德华作用和氢键。

那跑完产出之后可以直接在.edr文件中提取

Lance先生 · 发表于 Post on 2024-4-2 10:45:47

jisuan666888 发表于 2024-4-2 10:35
我就计算一个聚合物和植酸在水溶液环境下，之间的静电作用，范德华作用和氢键。

jisuan666888 · 发表于 Post on 2024-4-2 10:46:21

请问这句话是什么意思，怎么实现：定义好energy group（group通过make_ndx建立index文件来让gmx知道定义）

dzdhp · 发表于 Post on 2024-4-2 15:56:04

jisuan666888 发表于 2024-4-2 10:46
请问这句话是什么意思，怎么实现：定义好energy group（group通过make_ndx建立index文件来让gmx知道定义）

命令gmx make_ndx，可自定义区分体系原子组别，详细操作看手册，定义组别后，提取能量需带上index.文件，怎么做看手册，都是基操

dzdhp · 发表于 Post on 2024-4-2 15:58:52

jisuan666888 发表于 2024-4-2 10:35
我就计算一个聚合物和植酸在水溶液环境下，之间的静电作用，范德华作用和氢键。

体系中不同组间相互作用或氢键数目的计算必须要定义ndx，不然统计出来的是整个体系。

jisuan666888 · 发表于 Post on 2024-4-2 16:12:39

dzdhp 发表于 2024-4-2 15:56
命令gmx make_ndx，可自定义区分体系原子组别，详细操作看手册，定义组别后，提取能量需带上index.文件， ...

谢谢

sobereva · 发表于 Post on 2024-4-3 18:25:36

jisuan666888 发表于 2024-4-2 10:26
mdp里把要考察的分子定义成energy groups，跑完之后在edr文件里就有它们之间的范德华作用能，用gmx energ ...

北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）里面就有现成的基于能量组考察分子间相互作用的例子

通过培训系统学一次，就不会再有任何此类基础操作性的问题了

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