求助能量分解的问题，计算出的数很大

小翟w · 发表于 Post on 2024-4-2 09:46:41

老师们好，我用xeda提交inp文件计算能量分解，计算出的数很大，下面是inp文件，out文件，想请老师帮忙看看，这种问题要怎么解决，谢谢老师！

zjxitcc · 发表于 Post on 2024-4-2 14:07:46

本帖最后由 zjxitcc 于 2024-4-2 14:20 编辑

很简单，至少有一处SCF不收敛。GKS-EDA对于3个片段的复合物需进行7次不同的SCF计算，任何一次SCF不收敛都会导致这个结果。这个问题是GAMESS的老毛病，甚至GKS-EDA开发者也深受其扰，在这个论坛上的GAMESS-US板块你可以找到无数这种帖子http://bbs.keinsci.com/forum.php ... ter=typeid&typeid=9

（几乎）彻底解决这个问题的办法，也是基本上解决上面所有这类帖子问题的办法：用frag_guess_wfn小程序生成GKS-EDA输入文件
我们写一个gjf文件，例如MO24.gjf，内容如下

%mem=128GB
%nprocshared=64
#p wB97XD/def2TZVP guess(fragment=3)
{gks}
0 1 0 1 0 1 0 1
C(fragment=1) -0.00101100 0.00124700 -0.43694500
C(fragment=1) -0.00136600 0.01059200 0.89704900
H(fragment=1) -0.01620900 0.92064900 -1.00842900
H(fragment=1) 0.01491600 -0.92604200 -0.99551100
H(fragment=1) 0.00802700 -0.91192000 1.46254900
H(fragment=1) -0.01130000 0.94073400 1.44981300
Mo(fragment=2) 3.08135100 -0.00290900 -0.08727100
F(fragment=2) 2.67718100 1.59537400 0.75412500
F(fragment=2) 2.63018600 -1.75611000 0.29835400
O(fragment=2) 4.47609500 0.09568300 -0.95496500
Mo(fragment=3) -3.08087600 0.00152100 -0.08735400
F(fragment=3) -2.63724400 1.75809500 0.29129700
F(fragment=3) -2.66987900 -1.59235800 0.75916300
O(fragment=3) -4.47650800 -0.10583000 -0.95269300

复制代码

核数，内存和基组/赝势可以根据自己的需求修改。这个gjf可以用GaussView打开可视化，点击Tools->Atom Groups查看分片情况，一目了然。提交计算，即运行

frag_guess_wfn MO24.gjf >MO24.out 2>&1

复制代码

frag_guess_wfn会调用Gaussian完成7次SCF计算，耗时仅2min 30s，生成GKS-EDA输入文件（含所有必须关键词，坐标，基组和赝势信息），并将7套轨道写入MO24.inp文件。提交GKS-EDA任务

$HOME/software/gamess_xeda/rungms MO24.inp 00 64 >MO24.gms 2>&1

复制代码

耗时不到1 min完成计算，7个SCF依次极速收敛。我这里是在本地机器使用XEDA，用户还可以选择把这个inp文件上传到XACS云平台上做计算。整个过程不需要费心基组/赝势的书写，不需要关心SCF收敛问题。

推荐阅读：
关于frag_guess_wfn小程序的更多EDA例子https://jeanwsr.gitlab.io/mokit-doc-mdbook/chap5-3.html
仅使用frag_guess_wfn小程序的解压即用方式https://jeanwsr.gitlab.io/mokit- ... want-frag_guess_wfn
这个页面上有使用frag_guess_wfn小程序自动完成GKS-EDA计算后发表的文章https://jeanwsr.gitlab.io/mokit-doc-mdbook/citing.html

PS：
（1）当前只是一种分片方式，要注意左右两侧的过渡金属分子是否为开壳层的可能，从而形成反铁磁耦合的对称破缺单重态。这种计算在GAMESS里极其痛苦，还无法检验波函数稳定性，而frag_guess_wfn则可以调用Gaussian进行波函数稳定性检验，确保波函数稳定。
（2）当然，会有人推荐你尝试其他办法，但目前来说在GKS-EDA框架下没有一种办法比这层楼提供的办法更简单省时、有效和智能化。

小翟w · 发表于 Post on 2024-4-7 11:37:30

本帖最后由小翟w 于 2024-4-7 11:40 编辑

老师，我拿frag_guess_wfn小程序算输入文件，SCF不收敛了，老师能帮忙看看吗

MO24.gjf (5.69 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

zjxitcc · 发表于 Post on 2024-4-7 14:54:48

小翟w 发表于 2024-4-7 11:37
老师，我拿frag_guess_wfn小程序算输入文件，SCF不收敛了，老师能帮忙看看吗

换用Linux g16、多给点内存和核数即可解决，不要用32位Win版G09拖拉机。

小翟w · 发表于 Post on 2024-4-7 16:17:03

zjxitcc 发表于 2024-4-7 14:54
换用Linux g16、多给点内存和核数即可解决，不要用32位Win版G09拖拉机。

好的，谢谢老师，我试试

小翟w · 发表于 Post on 2024-5-7 09:58:40

zjxitcc 发表于 2024-4-7 14:54
换用Linux g16、多给点内存和核数即可解决，不要用32位Win版G09拖拉机。

老师，我换了g16算了，结果数字还是很大，老师有空帮我看看

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