谈谈如何又好又快地计算NMR化学位移

有点小冒失

老师，我想请问下有没引用该方法的文献，我使用了该方法，但找不到可以引用的文献

sobereva

有点小冒失 发表于 2018-7-5 16:19
老师，我想请问下有没引用该方法的文献，我使用了该方法，但找不到可以引用的文献

原文在文中已经充分提到了
如果指标度法，在那个网站里也都有可以引的文章

sdjgdu

计算结果中没有数值，而是一连串星号，表示无穷大吗？

sobereva

sdjgdu 发表于 2018-9-12 15:30
计算结果中没有数值，而是一连串星号，表示无穷大吗？

输入文件有问题或者程序bug，数值超过了格式可显示的范围

starskyyy

请问sob老师，为什么结构优化和计算核磁可以在不同的计算方法和机组下进行？

sobereva

starskyyy 发表于 2020-9-9 16:37
请问sob老师，为什么结构优化和计算核磁可以在不同的计算方法和机组下进行？

本来就没有任何理由要求一致

sobereva

Multiwfn从3.7开始支持了Multiwfn谱的绘制，见《使用Multiwfn绘制NMR谱》（http://sobereva.com/565），不仅支持传统方法，还直接支持标度法，极其方便，而且非常灵活，推荐大家使用。

星斗如盘

sob老师，显示谱图的时候，可以把耦合裂分也显示出来吗？

sobereva

星斗如盘 发表于 2021-4-2 11:38
sob老师，显示谱图的时候，可以把耦合裂分也显示出来吗？

不能

科研小白白

sob老师您好。我看文献看到有几篇文献在讲DP4进行NMR计算和立体构型验证，他的这个计算和您介绍的这个本质上有区别吗（我不懂计算化学），用您的这个标度法是不是也可以验证立体构型。它的这个DP4具体是怎样的，您可不可以开个帖子介绍一下。谢谢老师。
文献：

https://pubs.rsc.org/en/content/articlehtml/2020/sc/d0sc00442a

wzkchem5

科研小白白 发表于 2022-9-26 13:05
sob老师您好。我看文献看到有几篇文献在讲DP4进行NMR计算和立体构型验证，他的这个计算和您介绍的这个本质 ...

标题已经说了，DP4是从核磁谱推结构，而sob老师这个帖子是从结构推核磁谱。
用sob老师这个帖子说的方法也可以解结构、解立体构型，方法是先推测出所有可能的结构，算出每个结构的核磁谱，看哪个跟实验测的谱最接近。这个方法比DP4计算时间长、耗人工也多，但是原则上讲要可靠得多。

mfdsrax2

Sob老师似乎对弥散函数怨念很深，从文章里就可以看出来。

使用弥散函数没有任何意义，几乎不会对结果有任何改进还暴增耗时。

从一些RMSD上也看到，加了弥散函数后结果并没改进，这也说明弥散函数对计算NMR从各种意义上都是毛用也没有。所以切勿效仿一些人计算NMR时也用弥散的做法。

而且其弥散函数纯属多余，但由于是在这个基组下拟合的参数，故用这俩泛函的时候不得不带弥散函数

直接计算的文章我没有对比，但是就从标度法网站直接查到的数据来看，加弥散函数对计算精度是有不可忽略的提升的。比如下面这些，除了弥散函数以外没有区别（当然，斜率和截距也不一样），但是带弥散的比不带的版本确实精度要高一些。
1H和13C，氯仿

B3LYP/6-31+G(d,p) (gas phase)

B3LYP/cc-pVDZ (giao, gas phase)

slope: -1.0076 intercept: 31.7037

slope: -0.9618 intercept: 190.7467

RMSD: 0.1700 R2: 0.9960 StDev: 0.1718

RMSD: 2.5214 R2: 0.9981 StDev: 2.5455

B3LYP/6-31+G(d,p) (gas phase)

B3LYP/aug-cc-pVDZ (giao, gas phase)

slope: -1.0488 intercept: 31.7405

slope: -0.9825 intercept: 190.3004

RMSD: 0.1278 R2: 0.9979 StDev: 0.1291

RMSD: 2.2114 R2: 0.9986 StDev: 2.2326

1H和13C，二氯甲烷

B3LYP/6-31+G(d,p) (gas phase)

B3LYP/cc-pVDZ (giao, gas phase)

slope: -1.0050 intercept: 31.6636

slope: -0.9628 intercept: 190.9933

RMSD: 0.1532 R2: 0.9967 StDev: 0.1549

RMSD: 2.4587 R2: 0.9982 StDev: 2.4823

B3LYP/6-31+G(d,p) (gas phase)

B3LYP/aug-cc-pVDZ (giao, gas phase)

slope: -1.0459 intercept: 31.6980

slope: -0.9834 intercept: 190.5503

RMSD: 0.1147 R2: 0.9983 StDev: 0.1159

RMSD: 2.1746 R2: 0.9986 StDev: 2.1954

1H和13C，DMSO

B3LYP/6-31+G(d,p) (gas phase)

B3LYP/cc-pVDZ (giao, gas phase)

slope: -0.9906 intercept: 31.5765

slope: -0.9628 intercept: 190.4076

RMSD: 0.1737 R2: 0.9958 StDev: 0.1755

RMSD: 2.5236 R2: 0.9981 StDev: 2.5478

B3LYP/6-31+G(d,p) (gas phase)

B3LYP/aug-cc-pVDZ (giao, gas phase)

slope: -1.0307 intercept: 31.6068

slope: -0.9834 intercept: 189.9429

RMSD: 0.1490 R2: 0.9971 StDev: 0.1506

RMSD: 2.4089 R2: 0.9983 StDev: 2.4319

还有其他溶剂的版本，比如甲醇、THF、甲苯、水等等，结论都是一致的，加弥散后精度都有提升，这里就不列数据了。从数据来看，加弥散对提高精度还是有意义的。

sobereva

mfdsrax2 发表于 2022-11-11 09:49
Sob老师似乎对弥散函数怨念很深，从文章里就可以看出来。

这不直接体现弥散函数的价值

对于最常用的参数来源，带上弥散函数不仅耗时增加极多，精度反倒还下降了。这样的例子在表格里非常多。



只有当带上弥散函数能几乎总是带来结果的改进（如极化率、电子亲和能），而不是偶然性的改进（如网页里标度法的RMSD数据。更不必说还有大量偶然性恶化的情况），才能说弥散函数有实质性意义。

牧生

能否把又好又快的计算NMR的关键词pcSseg-1也增加在使用Multiwfn生成orca输入文件的选项里面呢？

sobereva

牧生 发表于 2023-3-28 19:12
能否把又好又快的计算NMR的关键词pcSseg-1也增加在使用Multiwfn生成orca输入文件的选项里面呢 ...

直接输入文件里手写pcSseg-1就行了，很简单。列表里没那么大空间，不太重要的就不打算加进去了