请问有什么方法可以计算处于凝聚态时聚合物单根链段的振动情况吗？

zql2023

请问可以使用gromacs进行分析聚合物结晶片层里面单根链段的运动情况吗？
聚合物的非晶部分可以如何去进行建立模型呢？
聚合物整条链段的静电势和偶极矩有办法可以计算吗？我找到的文献里面计算的都是单体单元的。

sobereva

选择语句选择相应链上的原子就完了

可以先用晶体模型升温，跑一段时间再降温，通常就成非晶了

把其它链删了只保留一条，就能用CP2K基于周期性模型计算静电势和偶极矩（周期性方向不叫偶极矩叫“极化”）

zql2023

sobereva 发表于 2024-4-3 17:57
选择语句选择相应链上的原子就完了

可以先用晶体模型升温，跑一段时间再降温，通常就成非晶了

谢谢老师！对于第三条“用CP2K基于周期性模型计算静电势和偶极矩”，可以使用gromacs或是其他软件程序进行吗？

sobereva

zql2023 发表于 2024-4-4 15:50
谢谢老师！对于第三条“用CP2K基于周期性模型计算静电势和偶极矩”，可以使用gromacs或是其他软件程序进 ...

CP2K是专门的第一性原理程序，参考：北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）

zql2023

sobereva 发表于 2024-4-4 17:02
CP2K是专门的第一性原理程序，参考：北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/worksho ...

谢谢老师！
老师我刚刚去了解了一下CP2K觉得学习困难比较大。我刚刚开始学习计算，今年CP2K的培训班也没赶上。
请问老师有其他软件也可以实现整条链的静电势和极化的计算吗？
老师我还有一个问题：对于图里的一条链段，可以进行什么计算可以得到盒子内其他的链段对这条链段的相互作用呢？比如静电力，空间位阻这些有什么方法可以计算出来然后可视化呢？因为我想分析聚合物凝聚态下的堆积情况对单条链段的影响。

sobereva

zql2023 发表于 2024-4-4 17:43
谢谢老师！
老师我刚刚去了解了一下CP2K觉得学习困难比较大。我刚刚开始学习计算，今年CP2K的培训班也没 ...

可以购买往届资料自学，前面给你的链接里说了。CP2K自身使用不便，但结合Multiwfn使用的话难度绝对不会高于任何主流的第一性原理程序

静电势没有唯一表现方式，参考下面的资料
静电势与平均局部离子化能相关资料合集 http://bbs.keinsci.com/thread-219-1-1.html
如果使用诸如下面的方式展示，又不用CP2K等第一性原理程序的话，就只能用Gaussian等量子化学程序当成两边封端的有限长度分子来计算
使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图（含视频演示）
http://sobereva.com/443（http://bbs.keinsci.com/thread-11080-1-1.html）

弱相互作用可视化：
使用Multiwfn做IGMH分析非常清晰直观地展现化学体系中的相互作用
http://sobereva.com/621（http://bbs.keinsci.com/thread-28147-1-1.html）
链之间静电作用，当周期性体系难以做能量分解得到，用有限长度模型结合下文的做法可以
使用sobEDA和sobEDAw方法做非常准确、快速、方便、普适的能量分解分析
http://sobereva.com/685（http://bbs.keinsci.com/thread-39446-1-1.html）

虽然基于分子力场，用gromacs也可以得到链之间的静电作用、范德华作用，但力场对于这类体系静电相互作用描述过于粗糙

zql2023

sobereva 发表于 2024-4-4 18:44
可以购买往届资料自学，前面给你的链接里说了。CP2K自身使用不便，但结合Multiwfn使用的话难度绝对不会高 ...

谢谢老师，十分感谢您的帮助！