计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 1504|回复 Reply: 8
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[新手求助] 如何避免gaussian优化结构过程中氮上的氢转移到相近的羰基上

[复制链接 Copy URL]

446

帖子

0

威望

1648

eV
积分
2094

Level 5 (御坂)

未来可期

如图为输入文件的结构,氢在氮上,相近有一个羰基。
但优化完后变为如图所示的结构,氢转移到了氧上。使用的是b3lyp/6-31g*泛函基组优化。请问如何避免这一问题
The end.

1万

帖子

0

威望

9888

eV
积分
22133

Level 6 (一方通行)

2#
发表于 Post on 2024-4-4 14:55:25 | 只看该作者 Only view this author
实验上已知这个氢不会转移过去吗?
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

446

帖子

0

威望

1648

eV
积分
2094

Level 5 (御坂)

未来可期

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-4 15:07:31 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-4-4 14:55
实验上已知这个氢不会转移过去吗?

文献中是存在这种结构的,而且我一开始用PM7粗略优化时没出现这种现象,用dft优化时才出现的
The end.

1562

帖子

0

威望

5005

eV
积分
6567

Level 6 (一方通行)

4#
发表于 Post on 2024-4-4 16:19:14 | 只看该作者 Only view this author
把初始的H和O的距离拉远一点

类似的看第五楼  http://bbs.keinsci.com/thread-28435-1-1.html
又菜又爱玩

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125169

管理员

公社社长

5#
发表于 Post on 2024-4-4 16:26:03 | 只看该作者 Only view this author
用wB97XD/6-311G**再试
如果是溶剂环境,记得带溶剂模型
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

446

帖子

0

威望

1648

eV
积分
2094

Level 5 (御坂)

未来可期

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-4 22:49:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-4-4 16:26
用wB97XD/6-311G**再试
如果是溶剂环境,记得带溶剂模型

@牧生  好的 谢谢两位老师 我去试试
The end.

446

帖子

0

威望

1648

eV
积分
2094

Level 5 (御坂)

未来可期

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-5 21:58:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-4-4 16:26
用wB97XD/6-311G**再试
如果是溶剂环境,记得带溶剂模型

加上溶剂模型后,用wb97xd解决了,但是用b3lyp依然是和之前一样的现象,请问老师是怎么想到换wb97xd泛函的呢,想了解一下其中的原理
The end.

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125169

管理员

公社社长

8#
发表于 Post on 2024-4-5 22:03:08 | 只看该作者 Only view this author
2877321934 发表于 2024-4-5 21:58
加上溶剂模型后,用wb97xd解决了,但是用b3lyp依然是和之前一样的现象,请问老师是怎么想到换wb97xd泛函 ...

HF成份偏低的泛函往往比HF较高的容易低估势垒,甚至造成该有较小势垒的时候没有

评分 Rate

参与人数
Participants 2
eV +7 收起 理由
Reason
MVK + 4 赞!
麻木麻木 + 3 我很赞同

查看全部评分 View all ratings

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

446

帖子

0

威望

1648

eV
积分
2094

Level 5 (御坂)

未来可期

9#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-5 22:17:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-4-5 22:03
HF成份偏低的泛函往往比HF较高的容易低估势垒,甚至造成该有较小势垒的时候没有

好的 感谢老师的耐心解惑
The end.

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-25 06:22 , Processed in 0.392446 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list