离子液体体系的MSD的计算问题

huashang · 发表于 Post on 2024-4-4 19:29:53

各位老师好，我是在体系平衡以后，在NVT下进行了5ns的模拟，来计算体系的MSD的。结果我发现体系的MSD在1ns之后变成了一条直线。我想问一下：这种情况是否正常？如果不正常的话，该如何解决？

Lacrimosa · 发表于 Post on 2024-4-4 20:33:48

看起来扩散系数非常小，感觉分子都没在动，你打开轨迹确认一下

huashang · 发表于 Post on 2024-4-4 21:05:56

Lacrimosa 发表于 2024-4-4 20:33
看起来扩散系数非常小，感觉分子都没在动，你打开轨迹确认一下

我观察了轨迹，的确分子的变化幅度都很小，请问：是不是因为该离子液体扩散系数太低，MSD图才会变成这样？

sobereva · 发表于 Post on 2024-4-5 02:32:34

很可能温度太低，都没超过凝固点，或者力场参数问题，导致凝固点过高

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[GROMACS] 离子液体体系的MSD的计算问题