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[Multiwfn使用咨询] 4.18.3 JCTC,2,2498方法的疑问

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按照4.18.3的方法处理了我的分子的第一激发态和基态的电荷密度差(下图),然后进行了C+,C-的计算(上图),
想问一下Transferred charge的数值 可以认为是从右边蓝色中心电子转移到了左边绿色中心的电子数吗?


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发表于 Post on 2016-11-12 05:21:01 | 只看该作者 Only view this author
Transferred charge指的是对密度差当中正值(或负值)部分的积分值。即绿色或蓝色部分对应的量。当然啦,从DISLIN.PNG中看到蓝色并不都是在右边,绿色也不都是在左边,有相互穿插。capture.png是把转移电荷的分布位置进一步抽象化后的结果。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-11-12 05:28:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-11-12 05:21
Transferred charge指的是对密度差当中正值(或负值)部分的积分值。即绿色或蓝色部分对应的量。当然啦,从 ...

那该如何分析大概多少电子从右边部分转移到左边呢?

PS: sob大大这么晚不睡

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-11-12 05:36:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-11-12 05:21
Transferred charge指的是对密度差当中正值(或负值)部分的积分值。即绿色或蓝色部分对应的量。当然啦,从 ...

能不能 只积分右边分子的 电子密度差,这样肯定正负电荷的数目不相同(正电荷绝对值比负电荷绝对值大)因为右边这部分失去电子。

然后再用这个正电荷绝对值减去负电荷绝对值,得出净的正电荷数目,作为失去(转移)的电子数?

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发表于 Post on 2016-11-12 09:02:06 | 只看该作者 Only view this author
wswrpd 发表于 2016-11-12 05:28
那该如何分析大概多少电子从右边部分转移到左边呢?

PS: sob大大这么晚不睡


你直接算激发态和基态的那个片段的电荷求差即可。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-11-15 04:50:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-11-12 09:02
你直接算激发态和基态的那个片段的电荷求差即可。

能不能详细说明一下,怎么能只计算那个片段的电荷差?
直接用3.1的Defining molecular fragment会不会导致其他原子在我关心的那部分会有电子密度的贡献?虽然用的base 是6-31G**,估计不会有弥散效应

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-11-15 05:15:44 | 只看该作者 Only view this author
我试了一下,发现怎么定义合适的空间有点难,比如定义右边的Pe部分,怎么设置即使看了说明书的3.6节还是不会

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-11-15 07:02:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-11-12 09:02
你直接算激发态和基态的那个片段的电荷求差即可。

我用了3.6的方法,用了两个原子的中心点,然后设置了蓝色Box的范围。
然后这样的结果能不能说,从基态到第一激发态,蓝色部分框中的分子失去了约0.57个电子?
图片在下一楼

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-11-15 07:02:45 | 只看该作者 Only view this author
图片在这里

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发表于 Post on 2016-11-15 07:20:55 | 只看该作者 Only view this author
wswrpd 发表于 2016-11-15 04:50
能不能详细说明一下,怎么能只计算那个片段的电荷差?
直接用3.1的Defining molecular fragment会不会导 ...


对基态和激发态波函数文件,都用主功能7计算原子电荷(支持多种原子电荷计算方法,用哪个随便。ADCH/Becke/Hirshfeld/拟合静电势电荷并不怕弥散函数),片段内原子电荷加和就是片段电荷。对于>=3.3.9版,也可以直接用主功能7的选项-1来定义片段,直接得到片段电荷省得再手动加和。
这跟手册3.1那个完全无关。

发帖时候应尽可能把要说的整合在一起而不是分着发。发帖之后选“编辑”可以对贴子进行修改和补充。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-11-15 07:44:55 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 wswrpd 于 2016-11-15 08:21 编辑
sobereva 发表于 2016-11-15 07:20
对基态和激发态波函数文件,都用主功能7计算原子电荷(支持多种原子电荷计算方法,用哪个随便。ADCH/Be ...

抱歉,写多了。
使用7功能用的是wfn文件吗?
简单看了一眼 ADCH方法是强烈推荐的。
另外9楼的方法可行吗?
-------------------------------------------------
补充一下,按照sob大大你的方法ADCH算了一下,激发态的fragment charge 0.626902(如下图1),基态的0.054497(如下图2),两者的差值0.572405
基本与我9楼的计算结果相同(失去/转移0.57个电子)


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发表于 Post on 2016-11-15 10:44:37 | 只看该作者 Only view this author
wswrpd 发表于 2016-11-15 07:44
抱歉,写多了。
使用7功能用的是wfn文件吗?
简单看了一眼 ADCH方法是强烈推荐的。

主功能7计算原子电荷视方法不同,有的需要.fch文件(如Mulliken、SCPA),有的则.fch和.wfn都可以

9楼方法可行。ADCH的这个结果很合理
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-11-15 12:06:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-11-15 10:44
主功能7计算原子电荷视方法不同,有的需要.fch文件(如Mulliken、SCPA),有的则.fch和.wfn都可以

9楼 ...

谢谢!这个贴子可以冻结了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-11-23 06:01:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-11-15 10:44
主功能7计算原子电荷视方法不同,有的需要.fch文件(如Mulliken、SCPA),有的则.fch和.wfn都可以

9楼 ...

sob老师,再追加一个问题,4.18.3分析激发态和基态的电荷差,而且计算得到正电荷中心和负电荷中心的方法,必须要求基态和激发态的原子核坐标一致。也就是垂直激发。

如果我想知道比如第一激发态的optimized 结构(也就是adiabatic excitation)的正电荷中心和负电荷中心的方法,那该怎么办呢?

谢谢!

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发表于 Post on 2016-11-23 09:06:12 | 只看该作者 Only view this author
wswrpd 发表于 2016-11-23 06:01
sob老师,再追加一个问题,4.18.3分析激发态和基态的电荷差,而且计算得到正电荷中心和负电荷中心的方法 ...

没法弄。此时只能计算原子电荷,讨论片段电荷的变化。
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