gmx grompp生成能量最小化文件时提示Fatal error: The intermolecular_interaction...

YuniJ · 发表于 Post on 2024-4-7 13:18:01

如题所示，通过gmx grompp生成能量最小化文件时提示Fatal error:The intermolecular_interaction can not contain chemically bonding interactions。在此之前我为了将聚合物共价连接到蛋白酶上，已经将连接区域抠出来并饱和了边界，通过sobtop程序生成了连接区域的拓扑文件，并将其中的bonds等参数添加到原始拓扑文件中（即包含蛋白酶和聚合物的拓扑信息的拓扑文件），并修正了原子序号。请问该如何解决这个error呢？谢谢各位大佬！

Seyilaxa · 发表于 Post on 2024-4-7 19:57:55

本帖最后由 Seyilaxa 于 2024-4-7 20:01 编辑

[intermolecular_interactions]描述的是分子间相互作用，显然不能包含成键的两个原子。检查一下这个字段的定义是否合理（例如1586 - 1585这对在[bond]重复出现了）
可以看看Gromacs官网对top文件的描述：File formats - GROMACS 2024.1 documentation

YuniJ · 发表于 Post on 2024-4-9 08:07:17

Seyilaxa 发表于 2024-4-7 19:57
描述的是分子间相互作用，显然不能包含成键的两个原子。检查一下这个字段的定义是否合理（例如1586 - 1585 ...

好的谢谢您！

云隐i · 发表于 Post on 2025-6-4 11:27:41

YuniJ 发表于 2024-4-9 08:07
好的谢谢您！

你好，请问如何解决了

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[GROMACS] gmx grompp生成能量最小化文件时提示Fatal error: The intermolecular_interaction...

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