一篇关于粗粒化初始结构和拓扑文件生成的程序polyply介绍

lishen123 · 发表于 Post on 2024-4-8 09:35:05

粗粒化初始结构及拓扑文件感觉弄起来有难度，本人也是初学者，在网上找到这篇小nc关于polyply程序的介绍。

牧生 · 发表于 Post on 2024-4-8 14:48:19

autoff就有这个功能，还挺好用

lishen123 · 发表于 Post on 2024-4-8 15:24:54

牧生发表于 2024-4-8 14:48
autoff就有这个功能，还挺好用

谢谢您的推荐。

neoje · 发表于 Post on 2024-4-24 17:04:15

但是polyply程序能自动生成的聚合物属实有限啊，楼主现在有了解到将聚合物单体粗粒化后再拼接的方法（或者其他生成聚合物粗粒化模型的方法）吗

lishen123 · 发表于 Post on 2024-4-25 07:51:46

neoje 发表于 2024-4-24 17:04
但是polyply程序能自动生成的聚合物属实有限啊，楼主现在有了解到将聚合物单体粗粒化后再拼接的方法（或者 ...

结构文件用2楼说的程序挺好弄的，但是程序得到拓扑文件的力场参数不准确，怎么调整粗粒化模型的力场参数使得能与全原子模型的结果相差不大，我觉得是粗粒化模拟最难的问题，我目前还未解决。

slxc920113 · 发表于 Post on 2024-4-25 19:07:38

lishen123 发表于 2024-4-25 07:51
结构文件用2楼说的程序挺好弄的，但是程序得到拓扑文件的力场参数不准确，怎么调整粗粒化模型的力场参数 ...

现在珠子的LJ参数是基于LogP来选择的，只是说尽可能保证和水的相互作用接近全原子，成键参数都是需要根据全原子进一步拟合的，这方面DMFF做得比较好。

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[文献推荐] 一篇关于粗粒化初始结构和拓扑文件生成的程序polyply介绍