粗粒化模拟映射求助

myoled · 发表于 Post on 2016-11-15 14:46:07

大家好，我最近在学习Martini力场的粗粒化模拟，利用的是Gromacs软件。首先按照Martini tutorials上面的步骤进行从全原子到粗粒化的映射时，输入命令“seq 0 2 | g_traj -f gromos.xtc -s gromos.gro -oxt mapped.xtc -n mapping.ndx -com -ng 3”, 却出现错误提示“-bash: g_traj: command not found"。请问该如何处理，谢谢！

我本是个娃娃 · 发表于 Post on 2016-11-15 14:50:20

你的环境变量里没有定义这个命令，去咨询你的管理员是怎么定义这个命令的

sobereva · 发表于 Post on 2016-11-15 14:55:25

哪个gromacs版本？

myoled · 发表于 Post on 2016-11-15 15:11:02

sobereva 发表于 2016-11-15 14:55
哪个gromacs版本？

老师好，我用的是5.1.3的版本，用它运行全原子模拟的时候没有问题。

sobereva · 发表于 Post on 2016-11-15 16:10:31

myoled 发表于 2016-11-15 15:11
老师好，我用的是5.1.3的版本，用它运行全原子模拟的时候没有问题。

5.x版本早就不是g_traj这样调用了，都是gmx [模块名]来调用

myoled · 发表于 Post on 2016-11-15 17:50:15

sobereva 发表于 2016-11-15 16:10
5.x版本早就不是g_traj这样调用了，都是gmx [模块名]来调用

老师，非常感谢，我改成gmx traj后就可以了。

biancheng159 · 发表于 Post on 2016-11-16 13:08:33

我本是个娃娃发表于 2016-11-15 14:50
你的环境变量里没有定义这个命令，去咨询你的管理员是怎么定义这个命令的

娃娃这个头像来自waitbutwhy吗？

我本是个娃娃 · 发表于 Post on 2016-11-16 17:20:58

biancheng159 发表于 2016-11-16 13:08
娃娃这个头像来自waitbutwhy吗？

http://baike.baidu.com/subview/1 ... syn#viewPageContent

biancheng159 · 发表于 Post on 2016-11-17 11:27:41

我本是个娃娃发表于 2016-11-16 17:20
http://baike.baidu.com/subview/1100045/10023473.htm?fromtitle=poker+face&fromid=16286&type=syn#vie ...

张见识了

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