[GROMACS] ATB生成拓扑文件后能量最小化不收敛

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发表于 Post on 2024-4-13 09:43:46 | 只看该作者 Only view this author |只看大图 View big picture 回帖奖励

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老师们好，使用ATB生成拓扑后首先尝试在真空中跑一个聚合物链的能量最小化，结果发现在atom 8也就是氢原子上的力特别大（如图一），用gmx energy发现能量曲线也不收敛（如图2）。利用vmd检查初始结构发现atom 8与一个氧原子距离1埃。尝试把atom 8的电荷从0.247改为0能量最小化就是收敛的，我想能不能另选一个原子增大电荷维持净电荷为0的同时也使得能量可以收敛呢？如果不行要从那方面入手更改拓扑或者初始结构才能使得能量收敛呢？

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