求助离子型二维材料的结构优化

默默 · 发表于 Post on 2024-4-14 12:54:01

各位老师好，
我想对这样一个离子型的二维材料进行结构优化，我的想法是
（1）先对带正电的骨架进行结构优化
（2）通过模拟退火的方法确定氯离子的位置
（3）然后加入氯离子，然后对电中性的体系进行结构优化

我比较纠结的一点是在进行（1）的时候，对带正电的二维材料进行优化是不是会导致堆积方向的距离偏大呢，不知道对最终结果有没有影响

吴双 · 发表于 Post on 2024-4-14 21:57:42

对正离子的结构进行优化是程序是？

sobereva · 发表于 Post on 2024-4-15 08:20:54

单独对一层正电骨架做优化还说得过去，堆叠结构还只考虑正电骨架部分，就完全不能接受了

可以拿一层正电骨架，计算原子电荷或者表面静电势，估计阴离子容易结合在哪（如果本身就容易判断，就不需要这一步），然后对堆叠结构中相应位置放入阴离子，之后跑动力学（可以模拟退火），之后再做结构优化，大概率能得到能量最低结构。

默默 · 发表于 Post on 2024-4-16 20:41:02

sobereva 发表于 2024-4-15 08:20
单独对一层正电骨架做优化还说得过去，堆叠结构还只考虑正电骨架部分，就完全不能接受了

可以拿一层正电 ...

明白了，感谢sob老师，我尝试尝试

默默 · 发表于 Post on 2024-4-17 15:59:08

File.zip (755.07 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

默默 · 发表于 Post on 2024-4-17 16:02:40

sobereva 发表于 2024-4-15 08:20
单独对一层正电骨架做优化还说得过去，堆叠结构还只考虑正电骨架部分，就完全不能接受了

可以拿一层正电 ...

sob老师好，打扰了。我用CP2K-2023.1对自己的体系(三氨基胍盐酸盐与2,5-二羟基对苯二甲醛反应)进行了计算。我先做了收敛性测试，然后在PBE-D3(BJ)/ DZVP-MOLOPT-SR-GTH下进行了结构优化，输入和输出文件我发在楼上了。我想向您请教两个问题：
（1）我试了下固定角度和不固定角度进行优化，结果两个结构的氢都向氯转移了，这和模型化合物的单晶不太一样，不知道是不是我计算设置的问题？
（2）另外固定晶胞角度和不固定晶胞角度进行优化哪种才是正确的呢？我看两种结构差别还挺大的，从优化最后一步的能量（还没算单点）来看固定晶胞角度得到的结构能量反而更低

sobereva · 发表于 Post on 2024-4-18 07:17:43

默默发表于 2024-4-17 16:02
sob老师好，打扰了。我用CP2K-2023.1对自己的体系(三氨基胍盐酸盐与2,5-二羟基对苯二甲醛反应)进行了计算 ...

X光衍射的晶体结构里的氢位置本来往往就不靠谱，仔细看
实验测定分子结构的方法以及将实验结构用于量子化学计算需要注意的问题
http://sobereva.com/569
另外，用合适的杂化泛函优化准确度更高，有些氢转移可能是纯泛函的SIE问题造成的虚假的现象。

看优化的目的

默默 · 发表于 Post on 2024-4-19 00:06:04

sobereva 发表于 2024-4-18 07:17
X光衍射的晶体结构里的氢位置本来往往就不靠谱，仔细看
实验测定分子结构的方法以及将实验结构用于量子 ...

明白了，谢谢老师

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