GMX计算RDF时怎么用脚本传递参数呢？

社会主义小战士 · 发表于 Post on 2024-4-14 16:04:51

GMX计算RDF选组时需要提交ctrl D才能开始计算。
怎么这个如何用脚本传递选组呀？

Dempey · 发表于 Post on 2024-4-14 22:02:49

可以使用"-ref"和"-sel"参数，如文档所说

sobereva · 发表于 Post on 2024-4-15 04:38:43

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的ppt：

社会主义小战士 · 发表于 Post on 2024-4-15 11:48:31

sobereva 发表于 2024-4-15 04:38
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的ppt：

...

谢谢社长！

yiranfengbai · 发表于 Post on 2024-4-15 14:09:33

请教一下，我跑了12000步，VMD导入gro之后发现frames0-11998，只有11999步，请问这是怎么回事呢

社会主义小战士 · 发表于 Post on 2024-4-15 15:10:42

Dempey 发表于 2024-4-14 22:02
可以使用"-ref"和"-sel"参数，如文档所说

感谢感谢！

snljty2 · 发表于 Post on 2024-4-15 15:15:24

你Linux等终端下按的Ctrl+d，或者Windows的cmd下按Ctrl+z再回车，都是给终端传递一个EOF信号，表示输入已经完成。如果是从文件重定向输入，和读到文件尾，后面什么都没有了等价。如果是用管道传递，就是后面什么都没了，让接管道的程序读不到输入，认为输入已经结束即可。如果是Linux shell的多行重定向输入，比如

cat << ABCD
123
456
ABCD

复制代码

，这样读到456之后ABCD和前面ABCD标志对上了，表示输入已结束，同样和你输入123回车，456回车然后按Ctrl+d等价。

sobereva · 发表于 Post on 2024-4-16 01:00:48

yiranfengbai 发表于 2024-4-15 14:09
请教一下，我跑了12000步，VMD导入gro之后发现frames0-11998，只有11999步，请问这是怎么回事呢

gro本来就只有一帧

社会主义小战士 · 发表于 Post on 2024-4-16 10:05:35

snljty2 发表于 2024-4-15 15:15
你Linux等终端下按的Ctrl+d，或者Windows的cmd下按Ctrl+z再回车，都是给终端传递一个EOF信号，表示输入已经 ...

非常感谢！

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] GMX计算RDF时怎么用脚本传递参数呢？

浏览过的版块