利用concvar计算含多个基元步的反应中浓度随时间变化的使用求助

guojingni · 发表于 Post on 2024-4-14 17:05:58

本帖最后由 guojingni 于 2024-4-14 17:07 编辑

对于双分子基元反应A+B→C+D，采用Gaussian计算得到能量折线图（图1）后，想要知道此多步基元反应中各物质浓度随时间的变化情况，根据(sobereva.com/642)中示例3.6，假设A和B初始浓度都为1mol/L，G(1)=G(2)=G(8)=0。目前能想到的输入文件写法如图2，输出结果如图3，对于输入文件的写法还存在一些问题，主要如下：
（1）对于1&2和3应该如何考虑其浓度变化问题？
（2）对于5,6,7&8，8的离去速度该如何假设，老师博文中假设r7sink=1E-4M/s，此浓度假设的依据是什么？
（3）如果不对r8sink定义，那么7和8的浓度是如何计算的呢？
（4）7&8→6→5的反应势垒较小，k较大，导致步长过小，无法模拟，手册中遇到势垒较小的情况是考虑玻尔兹曼分布（sobereva.com/642中示例3.4），但是此时是7&8→6→5的反应势垒较小，5→6→7&8之间势垒较大，其中6是过渡态，可以直接将6和7进行玻尔兹曼分布考虑吗？如果不可以，这种情况应该如何考虑呢？

sobereva · 发表于 Post on 2024-4-15 06:08:03

1/2到3没有势垒，直接从3作为起点模拟就完了

如果没有外部原因导致浓度降低（如排走），就不设sink速度。此时7、8的浓度没什么好算的，肯定可以忽略不计，达到热平衡时浓度也是微乎其微的

显然是5经过6导致7、8的浓度逐渐增加

6是过渡态，没法算玻尔兹曼分布

guojingni · 发表于 Post on 2024-4-15 10:05:58

sobereva 发表于 2024-4-15 06:08
1/2到3没有势垒，直接从3作为起点模拟就完了

如果没有外部原因导致浓度降低（如排走），就不设sink速度 ...

好哒明白啦，谢谢老师~

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[辅助/分析程序] 利用concvar计算含多个基元步的反应中浓度随时间变化的使用求助