计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 484|回复 Reply: 4
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[PSI4] PSI4计算SAPT提示内存不足的问题

[复制链接 Copy URL]

3

帖子

0

威望

507

eV
积分
510

Level 4 (黑子)

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
本帖最后由 yyyyqb 于 2024-4-15 01:16 编辑

各位老师好,我在用psi4计算能量分解时报错显示内存不足,所计算的两个片段共216个原子,用的SAPT0级别,memory设置20GB。想请教一下各位老师,SAPT输入文件的memory部分是对应单核的嘛?还有就是报错提示的空间不足是指内存不足还是硬盘不足呢?在已有计算条件下,还是产生400多G的临时文件,拜托各位老师指教一下我应如何调整?

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112374

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2024-4-15 04:25:16 | 只看该作者 Only view this author
这么大体系,用sobEDA是最好的选择
使用sobEDA和sobEDAw方法做非常准确、快速、方便、普适的能量分解分析
http://sobereva.com/685http://bbs.keinsci.com/thread-39446-1-1.html
精度比SAPT0更高,对计算资源的要求远低于SAPT0
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

3

帖子

0

威望

507

eV
积分
510

Level 4 (黑子)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-15 10:11:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-4-15 04:25
这么大体系,用sobEDA是最好的选择
使用sobEDA和sobEDAw方法做非常准确、快速、方便、普适的能量分解分析
...

老师,我现在在学习用sobEDA对这一体系计算,只是PSI4计算SAPT的输入文件内存与报错提示空间不足的两个问题我还是不太清楚,还请老师指教

3806

帖子

4

威望

7996

eV
积分
11882

Level 6 (一方通行)

MOKIT开发者

4#
发表于 Post on 2024-4-15 13:27:48 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 zjxitcc 于 2024-4-15 13:31 编辑

(1)PSI4输入文件memory是总内存,所以20GB对于216个原子远远不够。SAPT0很难算得动216个原子,如果你非要算,找台几百GB内存、几TB硬盘的大机器试试。注意这里指的是有几TB的硬盘空间可用,如果你有一个硬盘很大,但却把PSI4临时文件目录设置到了空间很小的分区,照样没用。
(2)由于你没给出PSI4报错截图,仅凭你的转述或理解,不足以下结论内存不足还是硬盘不足。
(3)可采用GKS-EDA在合适的泛函下做能量分解计算,搭配frag_guess_wfn小程序简化和加速计算。

自动做多参考态计算的程序MOKIT

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112374

管理员

公社社长

5#
发表于 Post on 2024-4-16 00:59:25 | 只看该作者 Only view this author
yyyyqb 发表于 2024-4-15 10:11
老师,我现在在学习用sobEDA对这一体系计算,只是PSI4计算SAPT的输入文件内存与报错提示空间不足的两个问 ...

没法解决,纯粹消耗资源太大在你的机子上不可能跑。甭纠结了,直接用sobEDA就完了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-24 22:48 , Processed in 0.153883 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list