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[GROMACS] 求教组分相互作用能分析

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体系中有ABC分子,想要计算AB分子,AC分子以及AA分子的相互作用能(组分内、组分间),步骤如下:


最后一步提示错误:The .mdp file specified an energy mininization or normal mode algorithm, and
these are not compatible with mdrun -rerun
我rerun设置的mdp文件如下:
pbc           = xyz
cutoff-scheme = Verlet
coulombtype   = cut-off
rcoulomb      = 3.0
vdwtype       = cut-off
rvdw          = 3.0
DispCorr      = EnerPres
;

另外,我的盒子大小12*8*8
问题:使用该方法能否达到我的目的?如何解决上述错误?但是我的mdp文件中没有设置能量组,能量组是在rerun.mdp文件设置吗?应该如何设置,使用energygrps = A B C吗?


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发表于 Post on 2024-4-16 03:25:42 | 只看该作者 Only view this author
mdp给完整、运行命令给出来
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-16 08:47:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-4-16 03:25
mdp给完整、运行命令给出来

完整mdp文件:
energygrps     = A B
pbc                = xyz
cutoff-scheme = Verlet
coulombtype   = cut-off
rcoulomb      = 3.0
vdwtype       = cut-off
rvdw          = 3.0
DispCorr      = EnerPre
运行步骤:
gmx trjconv -f traj_comp.xtc -s npt.tpr -n oil.ndx -o AB.xtc
gmx trjconv -f N3030.gro -s npt.tpr -n oil.ndx -o AB.gro
gmx grompp -f rerun.mdp -c AB.gro -p AB.top -o AB.tpr
N3030]$ gmx mdrun -s AB.tpr -rerun AB.xtc -e AB.edr
现在没有报错,使用命令分析能量:gmx energy -f AB.edr -o AB.xvg
显示如下:
1  G96Bond          2  G96Angle         3  Proper-Dih.      4  Improper-Dih.
  5  LJ-14            6  Coulomb-14       7  LJ-(SR)          8  Disper.-corr.
  9  Coulomb-(SR)                        10  Potential                        
11  Coul-SR:C7H8-C7H8                   12  LJ-SR:C7H8-C7H8                  
13  Coul-14:C7H8-C7H8                   14  LJ-14:C7H8-C7H8                  
15  Coul-SR:C7H8-C5Pe                   16  LJ-SR:C7H8-C5Pe                  
17  Coul-14:C7H8-C5Pe                   18  LJ-14:C7H8-C5Pe                  
19  Coul-SR:C5Pe-C5Pe                   20  LJ-SR:C5Pe-C5Pe                  
21  Coul-14:C5Pe-C5Pe                   22  LJ-14:C5Pe-C5Pe
请问老师,上述步骤是否存在问题?16统计AB范德华相互作用,15统计库伦,A组分分子间范德华20,库伦19,这样理解对吗?
另外,统计单位是kj/mol是指每mol体系两者的作用能是这么多对吗,也就是说它表示体系内所有两类分子的作用能之和,和分子数目相关对吗?

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发表于 Post on 2024-4-17 03:57:38 | 只看该作者 Only view this author
zhangfaxue 发表于 2024-4-16 08:47
完整mdp文件:
energygrps     = A B
pbc                = xyz



是。盒子里分子数越多,这里每mol实际上包含的分子就越多
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-17 10:08:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-4-17 03:57


是。盒子里分子数越多,这里每mol实际上包含的分子就越多

谢谢sob老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-23 20:04:38 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-4-17 03:57


是。盒子里分子数越多,这里每mol实际上包含的分子就越多

老师,我追问一下那每mol体系,比如说我体系有A10个B20个,计算的AB相互作用能是是nkJ/mol,n/NA就是单个分子对应的相互作用能吗?那这个单个分子如何理解,是单个A还是单个B,还是都一样?

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发表于 Post on 2024-4-24 06:29:42 | 只看该作者 Only view this author
zhangfaxue 发表于 2024-4-23 20:04
老师,我追问一下那每mol体系,比如说我体系有A10个B20个,计算的AB相互作用能是是nkJ/mol,n/NA就是单个 ...

nKJ/mol除以10就是每mol A分子与体系中所有B分子的相互作用能之和,nKJ/mol除以20就是每mol B分子与体系中所有A分子的相互作用能之和
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发表于 Post on 2024-5-6 21:21:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-4-24 06:29
nKJ/mol除以10就是每mol A分子与体系中所有B分子的相互作用能之和,nKJ/mol除以20就是每mol B分子与体系 ...

社长好!我想追问一下,
想对比两个体系内的A分子 + B分子,以及A分子 + C分子,这两个体系是否需要归一化呢?
也就是说我想知道 1mol A和 1mol B的相互作用能与 1mol A和 1mol C的差异,这个是否需要做些特殊处理呢?

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发表于 Post on 2024-5-8 19:41:40 | 只看该作者 Only view this author
社会主义小战士 发表于 2024-5-6 21:21
社长好!我想追问一下,
想对比两个体系内的A分子 + B分子,以及A分子 + C分子,这两个体系是否需要归一 ...

我不知道你说的归一化是什么
按前面说的方式计算 1mol A和 1mol B的相互作用能,可以跟 1mol A和 1mol C的对比
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发表于 Post on 2024-5-9 11:11:58 | 只看该作者 Only view this author
zhangfaxue 发表于 2024-4-16 08:47
完整mdp文件:
energygrps     = A B
pbc                = xyz

你好 我想请问一下 计算相互作用能的mdp文件中 rcoulomb 和 rvdw 值的设定 需要与正常动力学模拟中的mdp文件中的 rcoulomb 和 rvdw 值 保持一致吗

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-9 15:42:54 | 只看该作者 Only view this author
果果123 发表于 2024-5-9 11:11
你好 我想请问一下 计算相互作用能的mdp文件中 rcoulomb 和 rvdw 值的设定 需要与正常动力学模拟中的mdp ...

在保证小于盒子最小尺寸一半的情况下尽量大,参照此帖子求助:rerun轨迹后分析相互作用,该怎样设定参数
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 7&fromuid=55969
(出处: 计算化学公社)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-9 15:53:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-8 19:41
我不知道你说的归一化是什么
按前面说的方式计算 1mol A和 1mol B的相互作用能,可以跟 1mol A和 1mol C ...

老师我想继续追问,对于这种想对比每mol分子之间相互作用的情况:
1、如果分子数A100个B200个C300个,计算AB相互作用能/100,计算AC相互作用能/100,分别对应的就是1molA与200个B的相互作用能,1molA与300个C对应的相互作用能对吗?
2、上述如果正确,那就意味着如果体系中每种分子数不同,就无法实现楼上所说的1molA和1molB,1molA和1molC相互作用能的大小对比了嘛?如果可以实现请问如何处理?

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发表于 Post on 2024-5-9 20:35:20 | 只看该作者 Only view this author
zhangfaxue 发表于 2024-5-9 15:42
在保证小于盒子最小尺寸一半的情况下尽量大,参照此帖子求助:rerun轨迹后分析相互作用,该怎样设定参数
...

好的 好的 非常感谢

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发表于 Post on 2024-5-10 08:04:16 | 只看该作者 Only view this author
zhangfaxue 发表于 2024-5-9 15:53
老师我想继续追问,对于这种想对比每mol分子之间相互作用的情况:
1、如果分子数A100个B200个C300个,计 ...

1 对

2 再分别除以B、C的分子数
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-10 10:36:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-10 08:04
1 对

2 再分别除以B、C的分子数

谢谢老师!

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