使用tleap构建蛋白质与小分子盒子时出现问题

sun877469558

各位老师好，本人使用Amber程序，在使用tleap构建蛋白质与小分子盒子时出现问题，

1.首先使用antechamber通过pdb（删除了connect）生成mol2文件
2.使用parmchk2分别生成两个小分子的frcmod文件
3.pdb4amber对整个pdb（删除了connect）文件进行排序
4.tleap生成拓扑以及盒子pdb等


附件是两个小分子初始pdb和构建的盒子的pdb


然后在pymol中打开就出现了显示错误的键

目前不清楚为啥会导致这样的情况，请大家帮助指导一下，谢谢！万分感谢！

Serious

1）将LIG.pdb、SAM.pdb（小分子）和PRO.*.pdb（Desktop.zip中文件，蛋白小分子复合体）同时载入pymol，PRO.*.pdb中小分子明显与蛋白某些残基位置重叠，而LIG.pdb 和 SAM.pdb则与蛋白空间匹配良好；显然是tleap生成拓扑等文件时，提供的起始结构有问题；你没有提及如何构建起始结构的，这得你自己检查了。。

图1 绿色为LIG.pdb，蓝色为PRO_dry.pdb。红色箭头显示结构冲突部分，白色箭头显示PRO_dry.pdb中小分子多出的氧原子与LIG.pdb中某个氧原子坐标重合；

sun877469558

Serious 发表于 2024-4-17 10:35
1）将LIG.pdb、SAM.pdb（小分子）和PRO.*.pdb（Desktop.zip中文件，蛋白小分子复合体）同时载入pymol，PRO. ...

感谢回复，确实存在位置重叠，我重新搞一下体系中小分子的位置