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[GROMACS] 求助:关于同名残基的选择性位置限制

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楼主
大家好!

在拓扑文件CSCs.itp中定义了残基名为RES的分子,这个分子有934个原子。
在结构文件CSCs.gro中,有2个RES,1RES的原子序号为1-934,2RES的原子序号为935-1868。
我想仅对2RES施加position restraint,于是使用gmx genrestr命令创建了含有935-1868号原子的porse.itp文件,但报错"Atom index (935) in position_restraints out of bounds (1-934)."
请问正确的做法应该是怎样的?谢谢!


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发表于 Post on 2024-4-18 08:47:44 | 只看该作者 Only view this author
位置限制字段里的原子序号是对于它上面的[moleculetype]而言的,显然此时只能在1-934范围内,因为[moleculetype]当前不是对两个RES而言的
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-18 17:12:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-4-18 08:47
位置限制字段里的原子序号是对于它上面的[moleculetype]而言的,显然此时只能在1-934范围内,因为[molecule ...

谢谢Sob老师。我后来将CSCs.itp复制成两份,在其中分别定义1RES和2RES,在top文件中include CSCs1/2.itp,在后面各定义一个限制。

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