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[GROMACS] GROMACS中的OPLS-AA/M力场如何使用?

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本帖最后由 艾尔斯灿 于 2024-4-19 12:04 编辑

本人的老师要求我学会安装和使用OPLS-AA/M力场的GROMACS
之前只使用过GAFF力场,
我已经按照这个图片的教程安装好了OPLS-AA/M力场文件

求教后续使用OPLS-AA/M力场建盒子和进行动力学性质的测试的教程

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发表于 Post on 2024-4-18 08:30:06 | 只看该作者 Only view this author
引用北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)的ppt时不得擅自把顶端的版权信息截掉,已经把图片删除处理

此处重新贴:


培训里都有现成的基于OPLS力场的计算例子(“均相体系的模拟与性质的计算” 部分)

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-19 12:05:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-4-18 08:30
引用北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)的ppt时不 ...

图片已修改,请问例子可以说的更详细吗?

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发表于 Post on 2024-4-20 07:58:12 | 只看该作者 Only view this author
艾尔斯灿 发表于 2024-4-19 12:05
图片已修改,请问例子可以说的更详细吗?

哪不懂具体问。课上的例子已经极其详细了,拓扑文件的获得、所有计算命令、后处理分析流程全都给了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-20 19:01:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-4-20 07:58
哪不懂具体问。课上的例子已经极其详细了,拓扑文件的获得、所有计算命令、后处理分析流程全都给了

计算命令大全在书本中有吗?哪一页?

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发表于 Post on 2024-4-21 05:10:32 | 只看该作者 Only view this author
艾尔斯灿 发表于 2024-4-20 19:01
计算命令大全在书本中有吗?哪一页?

语义不明
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-23 12:13:06 | 只看该作者 Only view this author

"拓扑文件的获得、所有计算命令、后处理分析流程全都给了"
这些东西在哪里,我没找到

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发表于 Post on 2024-4-24 06:24:18 | 只看该作者 Only view this author
艾尔斯灿 发表于 2024-4-23 12:13
"拓扑文件的获得、所有计算命令、后处理分析流程全都给了"
这些东西在哪里,我没找到

培训班讲义里都有
参考“均相体系的模拟与性质的计算” 里“咖啡因在水中的模拟”的例子。如果不是培训班的学员我帮不了,没时间专门写教程
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-9 15:13:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-4-24 06:24
培训班讲义里都有
参考“均相体系的模拟与性质的计算” 里“咖啡因在水中的模拟”的例子。如果不是培训 ...

我看过了“咖啡因在水中的模拟”的例子,但是还是不太懂怎么利亚OPLS力场来生成力场文件,里面的代码我没太懂,有没有更通俗亲民的教程,我对力场文件更换的了解实在是太低了,

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发表于 Post on 2024-5-10 07:39:25 | 只看该作者 Only view this author
艾尔斯灿 发表于 2024-5-9 15:13
我看过了“咖啡因在水中的模拟”的例子,但是还是不太懂怎么利亚OPLS力场来生成力场文件,里面的代码我没太 ...

1000%在全宇宙任何地方都找不到“更亲民的教程”
讲义上每一步都讲得明明白白,所有命令和操作都给全了,所有相关的动力学、力场的理论知识和GROMACS程序的背景知识全都详细讲了,各种模拟例子用到的所有文件全都给全了,还怎么讲得更清楚?这完全等于是拿着金饭碗讨饭。好好认真从头完整学一遍,所有的答案绝对全都在超级详细的讲义里,别那么浮躁。此帖已关,有什么确切、具体的学术问题专门发帖问,而不是简简单单说什么“我不会”、“看不懂”,这样没人帮得了你。

实在不行就改行,别做动力学模拟了。
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