请问两个坐标相同的配体，为什么在VMD中一个显示正常，一个显示断裂？

LHQ · 发表于 Post on 2024-4-17 22:24:27

本帖最后由 LHQ 于 2024-4-17 22:26 编辑

请问我有两个同样的蛋白质—配体初始文件，它们之间的差异是补全原子的坐标有微小的不同，但是配体是我从A文件（VMD中配体结构显示正常（图1））复制粘贴到B文件（VMD中配体结构显示断裂（图2））中的，配体结构上的原子坐标均保持一致，为什么B文件中会显示断裂？因为我想用B文件作为初始结构跑模拟。

sobereva · 发表于 Post on 2024-4-18 08:18:12

谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534（http://bbs.keinsci.com/thread-16396-1-1.html）
参考上文

当初始载入的结构的原子间距离超过了判据，自然就判断为不成键。如果想和拓扑文件里的成键关系一致，按上文说的给VMD装上载入tpr的插件并且载入tpr文件

LHQ · 发表于 Post on 2024-4-18 12:28:32

sobereva 发表于 2024-4-18 08:18
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534（http://bbs.keinsci.com/thread- ...

老师，您好但是我两个文件都是初始文件，并没有生成拓扑文件和tpr文件。另外AB两个初始文件中的配体结构位置坐标与原子是一模一样的，不同的地方是与配体结构相邻的核苷酸补全上的O3'的位置和蛋白质的补全原子坐标有略微差别，文章里提到成键是根据两个原子间距离以及这两个原子半径之和来判断的，这种情况下两个文件中配体结构的位置坐标与原子是一致的，为什么B文件下的配体会显示断裂呢？

lyj714 · 发表于 Post on 2024-4-18 12:53:52

肯定有不一致的地方。就算相差0.001也是差异，就可能导致vmd距离判定刚好就断了。

LHQ · 发表于 Post on 2024-4-18 15:48:18

lyj714 发表于 2024-4-18 12:53
肯定有不一致的地方。就算相差0.001也是差异，就可能导致vmd距离判定刚好就断了。

谢谢，我是直接从A文件将配体结构复制粘贴到B文件中的，按理说应该是不会有差异，但是B文件中的配体在VMD中确实显示断裂了，另外我用pymol看B文件中的配体结构显示是正常的，只能猜测确实是VMD 显示的问题，您觉得我可以暂时把这个结构看成是正常的结构吗？

Liota · 发表于 Post on 2024-5-14 15:46:00

LHQ 发表于 2024-4-18 15:48
谢谢，我是直接从A文件将配体结构复制粘贴到B文件中的，按理说应该是不会有差异，但是B文件中的配体在VMD ...

可以先用，如果MD进行不下去，再考虑这个问题

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[GROMACS] 请问两个坐标相同的配体，为什么在VMD中一个显示正常，一个显示断裂？

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