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审稿意见:能量数值位数保留问题

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本帖最后由 Dolantin 于 2024-5-1 08:49 编辑

我用得是高斯+shermo软件计算水溶液中有机小分子体系,是根据该帖子【谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算http://sobereva.com/327】得出的能量。
审稿人提到,在SI中"Finally, no method is that precise that allows for an accuracy of 0.01 or 0.1 kJ/mol. Please round your energy values to the next full kJ/mol. Everything else provides a wrong impression of accuracy."  下面表格Gsoln溶质在溶剂环境下标况时的自由能(绝对数值),正文中能垒图标注数值我是以kJ/mol为单位保留两位小数,取能量相对数值。     “next full kJ/mol.”是取整数的意思吗?我看了些其他计算化学的paper,以kJ/mol为单位时,有取整数的,也有保留一位、两位小数的,不太理解审稿人意思。请教下大家啦





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发表于 Post on 2024-5-1 09:56:13 | 只看该作者 Only view this author
以kJ/mol和kcal/mol为单位时热力学数据通常保留一位小数,例如下文

谈谈如何计算环张力能:以CPP和碳单环体系为例
http://sobereva.com/698http://bbs.keinsci.com/thread-42968-1-1.html
理论设计由18碳环与锂原子构成的电场可控的光学开关
http://sobereva.com/630http://bbs.keinsci.com/thread-27232-1-1.html


对于较高精度的理论方法,在误差抵消充分时,可以精确到1 kJ/mol的数量级甚至更低,保留一位小数是得当的。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-1 10:16:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-1 09:56
以kJ/mol和kcal/mol为单位时热力学数据通常保留一位小数,例如下文

谈谈如何计算环张力能:以CPP和碳单 ...

谢谢sob老师回复,这是我的计算级别:opt freq:B2PLYP-D3(BJ)/def2-TZVP,单点:B2PLYP-D3(BJ)/ma-QZVPP。以kJ/mol为单位,我是不是可以选择保留一位小数? 另外以Hartree的单位的那几列,取三位小数是否妥当呢?担心没按审稿人的要求来,印象不好,因为提了挺多负面意见的

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发表于 Post on 2024-5-1 11:09:39 | 只看该作者 Only view this author
Dolantin 发表于 2024-5-1 10:16
谢谢sob老师回复,这是我的计算级别:opt freq:B2PLYP-D3(BJ)/def2-TZVP,单点:B2PLYP-D3(BJ)/ma-QZVPP ...

你确定B2PLYP你能用来做振动分析?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-1 11:22:39 | 只看该作者 Only view this author
GoldenBaby 发表于 2024-5-1 11:09
你确定B2PLYP你能用来做振动分析?

一开始选的opt freq计算水平确实有点高了,不过体系小,算得挺快的。审稿人没提我就不改了,不然得全部重算

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发表于 Post on 2024-5-1 12:44:28 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 beefly 于 2024-5-1 12:46 编辑

为什么Electronic energy写全称,自由能G用简写的符号?
为什么Hartree不加括号,kJ/mol加括号?
为什么Gsoln要用kJ/mol单位?怎么不换算成津巴布韦币呢?

就冲这些细节,勉强给个大修,如果是一区二区刊物可以拒稿。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-1 19:21:16 | 只看该作者 Only view this author
beefly 发表于 2024-5-1 12:44
为什么Electronic energy写全称,自由能G用简写的符号?
为什么Hartree不加括号,kJ/mol加括号?
为什么G ...

谢谢老师指正,这就改。第一篇文章,确实写得水平差些

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发表于 Post on 2024-5-1 22:34:05 | 只看该作者 Only view this author
Dolantin 发表于 2024-5-1 10:16
谢谢sob老师回复,这是我的计算级别:opt freq:B2PLYP-D3(BJ)/def2-TZVP,单点:B2PLYP-D3(BJ)/ma-QZVPP ...

可以一位
给出绝对能量毫无意义,属于自找挨批的行为。Chemistry is about change
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-2 14:39:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-1 22:34
可以一位
给出绝对能量毫无意义,属于自找挨批的行为。Chemistry is about change

好的,明白了

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发表于 Post on 2024-10-24 19:33:07 | 只看该作者 Only view this author
beefly 发表于 2024-5-1 12:44
为什么Electronic energy写全称,自由能G用简写的符号?
为什么Hartree不加括号,kJ/mol加括号?
为什么G ...

您好,请问您拒稿的时候会指明这些问题还是直接用客套话拒掉

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发表于 Post on 2024-10-25 12:04:09 | 只看该作者 Only view this author
ra2123456 发表于 2024-10-24 19:33
您好,请问您拒稿的时候会指明这些问题还是直接用客套话拒掉

如果除了表格以外的正文内容还看得过去,我就只讲表格的具体问题。否则就说文章写作质量差,数据没有经过仔细整理

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发表于 Post on 2024-10-25 15:32:39 | 只看该作者 Only view this author
beefly 发表于 2024-10-25 12:04
如果除了表格以外的正文内容还看得过去,我就只讲表格的具体问题。否则就说文章写作质量差,数据没有经过 ...

好的,谢谢您,遇到您这种直言不讳的审稿人也算是作者之幸,否则作者一直被拒可能都不知道自己错在哪

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