AIM分析中的问题

sobereva · 发表于 Post on 2016-12-9 21:59:04

15whyhq 发表于 2016-12-9 20:55
怎么比较同类卤键的强弱？谢谢！

也可以比较那些指标，BCP的电子密度、势能密度之类

15whyhq · 发表于 Post on 2016-12-10 16:20:00

sobereva 发表于 2016-11-29 23:25
没什么确切标准，直接一看等值面图的颜色便知
算得上很强的氢键的情况，一般等值面图上都有窟窿了（BC ...

老师，我这个OH...O的电子密度都不在氢键存在的标准范围中，拉普拉斯值有些在标准范围是不是意味着这已经不是氢键了？但是我这个拉普拉斯值都是正值说明是离子键，氢键或者范德华作用，根据这个我应该怎么判断？像这种情况我可以直接根据电子密度的大小判断同类OH...O的大小吗？谢谢！

15whyhq · 发表于 Post on 2016-12-10 16:49:27

我在这篇文献里面看到G/|V|的值大于1，说明是非共价作用，这个判断正确吗？在我的OH...O中所有的G/|V|都小于1这个又应该怎么解释呢？谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2016-12-10 19:11:55

15whyhq 发表于 2016-12-10 16:20
老师，我这个OH...O的电子密度都不在氢键存在的标准范围中，拉普拉斯值有些在标准范围是不是意味着这已经 ...

如果你指的1L的数值，rho比一般氢键的rho范围上限要大，光从这说明是很强的氢键
其它的，没具体结构光看这些没法说。

15whyhq · 发表于 Post on 2016-12-12 11:24:55

我在这篇文献里面看到G/|V|的值大于1，说明是非共价作用，这个判断正确吗？在我的O...H中所有的G/|V|都小于1且▽2ρ值是负值可以说明O...H之间是共价键吗？谢谢！
如果光从G/|V|小于1可以说明是共价键吗？

sobereva · 发表于 Post on 2016-12-12 17:24:36

15whyhq 发表于 2016-12-12 11:24
我在这篇文献里面看到G/|V|的值大于1，说明是非共价作用，这个判断正确吗？在我的O...H中所有的G/|V|都小于 ...

没你的具体体系不好说，要结合化学直觉判断，最好还同时作个图看看，参考此文
AIM键临界点处电子密度拉普拉斯值符号判断相互作用类型失败原因的图形分析
http://sobereva.com/161

如果氢键作用区域真的电子密度拉普拉斯函数都有负值了，那说明是颇强的氢键，都已经有一定共价性了（但说是共价键还是太牵强）。此时你也可以绘制一下ELF图考察一下共价作用特征。

另外，一般不是用G/|V|而是用|V|/G，此指标的原文见此文J. Chem. Phys., 117, 5529 (2002)。这个量小于1一般认为是非共价作用，大于1越多说明共价性越强。

15whyhq · 发表于 Post on 2016-12-13 10:53:45

有没有通过AIM分析做出的▽2ρ值是负值，但是两原子之间形成的不是共价键的例子？谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2016-12-14 00:34:40

15whyhq 发表于 2016-12-13 10:53
有没有通过AIM分析做出的▽2ρ值是负值，但是两原子之间形成的不是共价键的例子？谢谢！

印象中没有
要有也是只考察BCP位置的值而没有作图考察而被误导了

15whyhq · 发表于 Post on 2016-12-14 08:49:26

没有的话是不是可以根据▽2ρ值是负值，判断是共价键呢？谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2016-12-14 18:51:18

15whyhq 发表于 2016-12-14 08:49
没有的话是不是可以根据▽2ρ值是负值，判断是共价键呢？谢谢！

基本可以

15whyhq · 发表于 Post on 2016-12-14 20:51:22

像我这个体系，H与O之间的▽2ρ值是正值（可能是非共价），|V|/G的值大于1（是共价键），像这种情况我应该怎么去确切表述H与O的成键关系，还有像我这种比较强的氢键应该用什么方法去定性或者定量比较氢键的大小呢？

15whyhq · 发表于 Post on 2016-12-15 21:13:50

本帖最后由 15whyhq 于 2016-12-15 21:19 编辑

像我这个分子先做完AIM分析得到那些值后，适合用拉普拉斯值函数、ELF函数、LOL函数来判断进攻氧的羟基（O与H之间的关系）以及羟基的H与环氧化物的O之间的关系吗？
像这种带官能团的离子液体催化CO2的反应，用什么分析方法能够准确判断这些催化剂是如何影响催化活性的？以及用分析方法如何比较这两种催化剂对催化活性的影响？谢谢！

15whyhq · 发表于 Post on 2016-12-19 20:12:41

这个图片中高亮部分来自哪篇文献有谁可以发下吗？还有这一段话正确吗？谢谢！

15whyhq · 发表于 Post on 2017-2-21 09:05:46

BCP 处的电子密度大小可以反映化学键的强弱，那可以根据电子密度拉普拉斯量▽2ρ的大小去比较同类氢键的大小吗？谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2017-2-21 10:27:33

15whyhq 发表于 2016-12-19 20:12
这个图片中高亮部分来自哪篇文献有谁可以发下吗？还有这一段话正确吗？谢谢！

J. Chem. Phys., 117, 5529 (2002)

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