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[Multiwfn使用咨询] AIM分析中的问题

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发表于 2016-11-22 19:24:02 | 显示全部楼层 |阅读模式
AIM做出的Density of all electrons是不是这篇文献table 4里面的ρ?
table 4 中的λ1和λ2 是怎么做出来的?我做出的AIM中为什么没有λ1和λ2 ?
谢谢!
Density of all electrons.png
table 4.png
AIM.png

C6CP04922B.pdf

3.07 MB, 下载次数: 59

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发表于 2016-11-22 19:30:00 | 显示全部楼层


看这部分输出
Hessian matrix:
-0.6052546063E+01  0.4156881242E-15  0.3075927425E-15
  0.4156881242E-15 -0.5129330464E+01  0.7095917322E+00
  0.3075927425E-15  0.7095917322E+00 -0.5547505204E+01
Eigenvalues of Hessian: -0.6052546063E+01 -0.4598662500E+01 -0.6078173169E+01

Eigenvalues of Hessian就是λ。数值从小到大依次是λ1、λ2、λ3  
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 楼主| 发表于 2016-11-22 19:49:11 | 显示全部楼层
本帖最后由 15whyhq 于 2016-11-22 19:59 编辑

老师说的大小是绝对值大小还是要把符号考虑?
Sign(lambda2)*rho with promolecularapproximation: -0.6703902380E-01     这个是什么值?
谢谢

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发表于 2016-11-23 09:05:04 | 显示全部楼层
15whyhq 发表于 2016-11-22 19:49
老师说的大小是绝对值大小还是要把符号考虑?Sign(lambda2)*rho with promolecularapproximation: -0.67039 ...

当然考虑符号,文献里不也有符号
Multiwfn手册超级详细,输出的每个实空间函数的含义在手册里都有,看2.6、2.7节
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 楼主| 发表于 2016-11-24 19:47:04 | 显示全部楼层
这篇文献里面的判断氢键存在的三个标准出自哪里?
这个标准可信吗?
判断氢键存在的三个标准.png

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发表于 2016-11-24 21:39:46 | 显示全部楼层
15whyhq 发表于 2016-11-24 19:47
这篇文献里面的判断氢键存在的三个标准出自哪里?
这个标准可信吗?

这里头http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=362
Lipkowski氢键AIM简化标准-Properties of the C-H---H Dihydrogen Bond An ab Initio and Topological Analysis.pdf
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 楼主| 发表于 2016-11-29 21:49:40 | 显示全部楼层
Sign(lambda2)*rho  的绝对值大于多少的时候不属于弱相互作用?像我这个做的AIM分析得到的H跟O及C跟Br之间的Sign(lambda2)*rho如表格所示,这些值可以比较H跟O之间氢键的强弱C跟Br,C跟B之间的静电作用强弱吗?我这个AIM做出来的H跟O之间Sign(lambda2)*rho比较负,还属于弱相互作用吗?是不是属于较强的氢键?对于较强的氢键应该用什么分析方法进行分析?
AIM.png

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发表于 2016-11-29 23:25:00 | 显示全部楼层
15whyhq 发表于 2016-11-29 21:49
Sign(lambda2)*rho  的绝对值大于多少的时候不属于弱相互作用?像我这个做的AIM分析得到的H跟O及C跟Br之间 ...


没什么确切标准,直接一看等值面图的颜色便知
算得上很强的氢键的情况,一般等值面图上都有窟窿了(BCP电子密度>0.05)
如果你的结构已经优化,并且产生波函数的级别合理,BCP密度这么大算是颇强的氢键。进一步分析可以结合ELF、键级、密度差之类分析

BCP的信息对于同类键可以横向比较强度,但不能比较比如O-H...O与C...Br的作用强度。
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 楼主| 发表于 2016-12-3 09:40:20 | 显示全部楼层
老师,您说Sign(lambda2)*rho值的大小是代表氢键的大小吗?  

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发表于 2016-12-4 00:34:29 | 显示全部楼层
15whyhq 发表于 2016-12-3 09:40
老师,您说Sign(lambda2)*rho值的大小是代表氢键的大小吗?

此值大小就是电子密度的大小,对于同类氢键,BCP上电子密度与氢键强度有一点正相关
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 楼主| 发表于 2016-12-8 21:33:55 | 显示全部楼层
这个公式计算得到的是单纯的氢键的键能吗?同类氢键这个值可以用来比较氢键的强弱的吗?谢谢!
E.png

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发表于 2016-12-9 02:13:45 | 显示全部楼层
15whyhq 发表于 2016-12-8 21:33
这个公式计算得到的是单纯的氢键的键能吗?同类氢键这个值可以用来比较氢键的强弱的吗?谢谢!

是。可以
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 楼主| 发表于 2016-12-9 09:07:24 | 显示全部楼层
本帖最后由 15whyhq 于 2016-12-9 09:09 编辑

我想知道氢键与静电作用的关系?如果要把氢键与静电作用以定性或者定量的关系区别显示出来应该怎么做?谢谢!

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发表于 2016-12-9 17:38:56 | 显示全部楼层
15whyhq 发表于 2016-12-9 09:07
我想知道氢键与静电作用的关系?如果要把氢键与静电作用以定性或者定量的关系区别显示出来应该怎么做?谢谢 ...


普通氢键由静电作用主导。
分法所谓的“区分显示”,要计算静电的贡献做能量分解
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 楼主| 发表于 2016-12-9 20:55:05 | 显示全部楼层
本帖最后由 15whyhq 于 2016-12-9 21:05 编辑

怎么比较同类卤键的强弱?谢谢!
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