计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 439|回复 Reply: 5
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[辅助/分析程序] KiSThelP软件做Eckart校正,生成反应路径.kinp文件报错

[复制链接 Copy URL]

92

帖子

0

威望

1167

eV
积分
1259

Level 4 (黑子)

本帖最后由 Dolantin 于 2024-5-4 15:01 编辑

由于审稿人质疑 TST/Wigner方法计算的速率常数结果,又不想使用审稿人提到的Tunnex、Polyrate软件,所以打算用KiSThelP软件做Eckart校正,按照此帖http://sobereva.com/246做Eckart校正时,生成反应路径出现如下报错。对IRC做振动分析的输入文件和 反应路径文件生成目录也贴出来了。
求教下大家如何解决报错,或者有没有更好的回复审稿人的方式,谢谢各位!

审稿人质疑:
Finally, the authors are probably aware that the “simple” tunneling corrections are not very accurate. Please provide additional information on how much the barrier is altered by the tunneling correction. If this is a substantial contribution, it can be expected that the crude corrections are not really correctly describing the real system and more elaborate corrections like Schreiner’s Tunnex or Truhlar’s Polyrate are required.                     As mentioned above, I am extremely skeptical about the results of the simple Wigner correction.










5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112359

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2024-5-4 16:15:34 | 只看该作者 Only view this author
什么操作细节都没有,别人帮不了你
先把我博文里的例子体系成功用Eckart方式得到结果再说
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

92

帖子

0

威望

1167

eV
积分
1259

Level 4 (黑子)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-4 16:18:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-4 16:15
什么操作细节都没有,别人帮不了你
先把我博文里的例子体系成功用Eckart方式得到结果再说

好的好的,这就按sob老师说的操练一番

92

帖子

0

威望

1167

eV
积分
1259

Level 4 (黑子)

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-7 15:58:09 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Dolantin 于 2024-5-7 15:59 编辑
sobereva 发表于 2024-5-4 16:15
什么操作细节都没有,别人帮不了你
先把我博文里的例子体系成功用Eckart方式得到结果再说

sob老师,IRC步长stepsize我设置为1,IRC上自由能最大点和电子能量最大点也是重合的,最终得到的k-T曲线重合,我查看重合曲线的数据也是一样的,这样正常吗?是不是就说明变分效应对这个反应不明显呢?

C:\Users\Administrator\Desktop\天若OCR截图目录

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112359

管理员

公社社长

5#
发表于 Post on 2024-5-8 20:28:39 | 只看该作者 Only view this author
Dolantin 发表于 2024-5-7 15:58
sob老师,IRC步长stepsize我设置为1,IRC上自由能最大点和电子能量最大点也是重合的,最终得到的k-T曲线 ...

如果你确信计算方式无误的话,说明变分效应至少在你当前算各个点自由能的温度下可以忽略
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

92

帖子

0

威望

1167

eV
积分
1259

Level 4 (黑子)

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-9 07:55:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-8 20:28
如果你确信计算方式无误的话,说明变分效应至少在你当前算各个点自由能的温度下可以忽略

好嘞,谢谢sob老师!

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-24 19:43 , Processed in 0.194951 second(s), 25 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list