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[GROMACS] 关于V6O7(OR)12 与乙腈溶剂的径向分布函数和相互作用能的分析

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使用Gromacs模拟了60*60*60盒子中放置了 1分子 V6O7(OR)12 (R=CH3 C2H5 C3H7) 、100 分子 NBu4PF6、1650 分子的乙腈 。分析V6O7(OR)12 (R=CH3 C2H5 C3H7)的中心O原子与乙腈溶剂的径向分布函数得到 初步判断峰值高度 CH3 > C3H7 > C2H5,为就进一步分析其与乙腈溶剂分子的相互作用 分离V6O7(OR)12 (R=CH3 C2H5 C3H7)与乙腈分子的轨迹 计算得到 1分子 V6O7(OR)12 (R=CH3 C2H5 C3H7)与1650 分子的乙腈 相互作用能为 (单位 KJ/mol)即库伦相互作用顺序为:CH3 > C3H7 > C2H5 但总相互作用能顺序为 :C3H7 > CH3 > C2H5。 想问一下各位老师 这种相互作用能结果分析 是主要看库伦相互作用能吗? 还是看总相互作用能? 如果看总相互作用能 那在图中明明已经有氢键生成了 但其总相互作用能却不是最大的,有可能是哪方面的原因导致的呢?

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