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[CP2K] Z方向不考虑周期性的MD如何进行轨迹的周期性修正

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本帖最后由 captain 于 2024-5-4 22:03 编辑

用CP2K进行MD计算(Z方向不考虑周期性)后,对轨迹进行周期性修正。定义pbc并运行pbc wrap,发现个别帧会出现少量分子在Z方向上从盒子一头穿越到另一头。
请问大神这是不是由于修正时Z方向也考虑周期性造成的?应如何处理?另外如果不进行轨迹的周期性修正,对于分析分子间的作用是否会有影响?
谢大神指点!



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发表于 Post on 2024-5-4 22:23:56 | 只看该作者 Only view this author

把z方向盒子设得巨大再用此命令
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-5 09:43:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-4 22:23

把z方向盒子设得巨大再用此命令

好的,多谢大神指点!
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