求助，在GROMACS限制原子效果不好怎么处理？

1758924310 · 发表于 Post on 2024-5-6 10:06:28

本帖最后由 1758924310 于 2024-5-6 10:06 编辑

在做水合物模拟时，对能量最小化后的水合物种子进行约束，尝试了两种约束方法效果都不好。
看了sob老师的讲解，也看了其他的帖子
无论是采用
[ intermolecular_interactions]
[ bonds ]
这种方式，还是
[ intermolecular_interactions ]
[ distance_restraints ]
这两种方法对原子的约束效果都不好，如果想要尝试freeze的话，在能量最小化之后gro文件中，水合物和气水混合物的水命名统一为了SOL，不知道如何进行freeze
求助一下各位大佬们

lmch · 发表于 Post on 2024-5-6 12:32:43

group 分组，用-n 的index文件控制

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[GROMACS] 求助，在GROMACS限制原子效果不好怎么处理？

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