求助，如何观看vasp结构优化的力的变化趋势

XIEH

高斯的结构优化可以中途下载log文件用GaussView的optimization功能，看能量和力的变化趋势。
vasp的OSZICAR可以看到每一个离子步的E0，那么力是看哪个呢？

乐平

可以我写的 python 脚本

基本用法，输入

1. python check_VASP_convergency.py -h     或者  --help

复制代码

可以查看用法

1. usage: check_VASP_convergency.py [-h] [-p <POSCAR>] [-s <OSZICAR>] [-o <OUTCAR>]
   
2. 
   

复制代码

如果当前目录下有  POSCAR, OSZICAR, OUTCAR 文件，就不需要输入任何参数，直接

1. python check_VASP_convergency.py

复制代码

就可以运行，并绘制好能量随离子步的变化趋势，最大受力随离子步的变化趋势



整体的思路来自知乎帖子 VASP结构优化计算中查看能量和力收敛情况 - 知乎 (zhihu.com)，这个帖子是 bash 脚本，绘图的结果看着不美观。

python 绘图更灵活，且能局部放大。


另外，我的脚本还能检查当前目录是否含有 POSCAR, OSZICAR, OUTCAR 文件，如果没有任意上述文件，会提示你缺少哪些文件，并退出运行。

如果当前目录里 POSCAR, OSZICAR, OUTCAR 文件名改了，或者上述文件移动到另外的目录下了，还可以通过 -p, -s, -o 参数开指定文件名

1. python check_VASP_convergency.py -p test1_POSCAR -s ../mytest/OSZICAR -o ../final_OUTCAR

复制代码

这样更灵活，更方便。

-----------------------------

原 python 脚本 axis 轴弄错了，应该是 -1。现已更新。

1. np.amax(np.linalg.norm(data, axis=-1), axis=-1)

复制代码

可以重新下载，替换原脚本。

给大家带来的不便，请谅解。

卡开发发

可以使用python库ase。ase gui XDATCAR，会显示结构轨迹和能量变化曲线(i,e-E[-1]，此处i为步数，e为能量，E[-1]表示最后一步能量)，如果要看力把这个在Graph的对话框改成(i,fmax)即可。

XIEH

乐平 发表于 2024-5-12 22:32
可以我写的 python 脚本

基本用法，输入

感谢回复

XIEH

卡开发发 发表于 2024-5-13 05:50
可以使用python库ase。ase gui XDATCAR，会显示结构轨迹和能量变化曲线(i,e-E[-1]，此处i为步数，e为能量， ...

感谢回复

Weldingspock

我也推荐一个，虽然不能画图，直接显示在屏幕上也能清楚看到
https://github.com/Ionizing/usefultools-for-vasp

XIEH

Weldingspock 发表于 2024-5-13 17:24
我也推荐一个，虽然不能画图，直接显示在屏幕上也能清楚看到
https://github.com/Ionizing/usefultools-fo ...

谢谢

Minshen

您好，请教一下，我用您的脚本，运行出来，力的图上只有一个点，改变横轴纵轴范围也是这样,是咋回事呢

乐平

Minshen 发表于 2024-6-24 11:03
您好，请教一下，我用您的脚本，运行出来，力的图上只有一个点，改变横轴纵轴范围也是这样,是咋回事呢

之前的有错误，我更新了一下脚本。

KangBao

我的方法是直接在终端输入"grep FORCES: OUTCAR"获取力的变化，如果有做图需要可以获取力的列进行做图。脚本更直观，但这样也可以很方便的浏览趋势

XIEH

KangBao 发表于 2024-7-27 19:24
我的方法是直接在终端输入"grep FORCES: OUTCAR"获取力的变化，如果有做图需要可以获取力的列进行做图。脚 ...

感谢回复，已解决

lxt999

你好 我想请问一下 我在算AIMD分子动力学 查看势能 也可以用这个脚本吗

Yun_ZL

我发现编译VTSTcode之后，可以使用快捷命令grep FORCES：OUTCAR进行查看力的变化，没有编译vtstcode的情况下vasp的outcar并没有输出力的信息

XIEH

Yun_ZL 发表于 2024-9-10 09:29
我发现编译VTSTcode之后，可以使用快捷命令grep FORCES：OUTCAR进行查看力的变化，没有编译vtstcode的情况 ...

谢谢你的分享，但是我的估计没有编译VTSTcode，输入命令没有反应

阿宁

乐平 发表于 2024-5-12 22:32
可以我写的 python 脚本

基本用法，输入

您好，感谢分享。我在使用你的脚本时出现如下报错，百度找不到解决方法，想请教一下。
[qxn@Master ~/001/yzcu4]$ python check_VASP_convergency.py
`np.asfarray` was removed in the NumPy 2.0 release. Use `np.asarray` with a proper dtype instead.
Traceback (most recent call last):
  File "/home/qxn/001/yzcu4/check_VASP_convergency.py", line 216, in <module>
    main()
  File "/home/qxn/001/yzcu4/check_VASP_convergency.py", line 209, in main
    F = grab_Force(poscar, outcar)
  File "/home/qxn/001/yzcu4/check_VASP_convergency.py", line 106, in grab_Force
    data = np.asfarray(data).reshape((count,atomNum,3))
  File "/home/qxn/.local/lib/python3.9/site-packages/numpy/__init__.py", line 397, in __getattr__
    raise AttributeError(
AttributeError: `np.asfarray` was removed in the NumPy 2.0 release. Use `np.asarray` with a proper dtype instead.