蛋白配体复合物模拟完后RMSD的图像波动较大，是否与分子对接结合能有关？

12313 · 发表于 Post on 2024-5-13 11:50:11

这是我的一个蛋白配体复合物模拟完成后生成的RMSD图像，但是波动太大，之前我已经用gmx trjconv命令矫正过周期性轨迹。复合物的分子对接结合能为-6.3kcal/mol，想问一下各位老师RMSD波动太大是否与分子对接结合能的大小有关？

t675210552 · 发表于 Post on 2024-5-13 14:45:01

这个最大波动还不到5埃，应该不算大的值，你把坐标轴稍稍拉长就可以看上去更平，主要是在约70-80ns有一段上升，在80-100ns这里恢复了，建议可以看看70-80这一段的结构，或者续跑看看？

低调的板凳 · 发表于 Post on 2024-5-13 14:56:30

时间100ns已经比较长了，结合轨迹文件查看一下，70-80这一段配体或者是配体附近的蛋白残基有没有发生大的变化。可能存在的情况如配体的一个具有一定能垒的二面角发生了反转，且翻转后与蛋白结合也尚可；又或者是蛋白某链上，一个大型残基如Phe和Tyr出现了in和out的不同构型等。

那一段如果是新构象，能稳定10ns已经值得进行考察了。

后续研究把两种构型都提取出来进行能量计算等后续研究即可。

12313 · 发表于 Post on 2024-5-13 17:51:31

本帖最后由 12313 于 2024-5-13 18:05 编辑

t675210552 发表于 2024-5-13 14:45
这个最大波动还不到5埃，应该不算大的值，你把坐标轴稍稍拉长就可以看上去更平，主要是在约70-80ns有一段上 ...

感谢老师的回复，首先我想请教一个问题，RMSD曲线的波动是应该看整个模拟时间内的最大值和最小值之差，还是看振幅呢？

12313 · 发表于 Post on 2024-5-13 17:53:16

低调的板凳发表于 2024-5-13 14:56
时间100ns已经比较长了，结合轨迹文件查看一下，70-80这一段配体或者是配体附近的蛋白残基有没有发生大的 ...

谢谢老师，那我该如何结合轨迹进行查看70-80这一段呢，是需要输入相应的指令吗？

sobereva · 发表于 Post on 2024-5-14 07:59:51

12313 发表于 2024-5-13 17:53
谢谢老师，那我该如何结合轨迹进行查看70-80这一段呢，是需要输入相应的指令吗？

VMD里载入那一段观看就完了
消除整体运动后多帧叠加显示会看的更清楚

t675210552 · 发表于 Post on 2024-5-14 11:31:55

12313 发表于 2024-5-13 17:51
感谢老师的回复，首先我想请教一个问题，RMSD曲线的波动是应该看整个模拟时间内的最大值和最小值之差，还 ...

一般我是看振幅，在一定范围能波动就说明模拟平衡了，但是如果RMSD值很大的话，说明跟初始比对结构发生了很大的变化就要具体情况分析了

12313 · 发表于 Post on 2024-5-14 13:25:47

sobereva 发表于 2024-5-14 07:59
VMD里载入那一段观看就完了
消除整体运动后多帧叠加显示会看的更清楚

谢谢sob老师，另外我还想问一个问题就是，对于RMSD曲线图，其中曲线振幅较大的话有办法减小吗，还是说这是事实所在，没有办法改变

12313 · 发表于 Post on 2024-5-14 13:26:04

t675210552 发表于 2024-5-14 11:31
一般我是看振幅，在一定范围能波动就说明模拟平衡了，但是如果RMSD值很大的话，说明跟初始比对结构发生了 ...

好的谢谢

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[GROMACS] 蛋白配体复合物模拟完后RMSD的图像波动较大，是否与分子对接结合能有关？

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