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[新手求助] 菜鸡初识Gaussian,求大佬解惑,输出的chk文件似乎出了点问题

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楼主
菜鸡初识Gaussian,创建了gjf如下:
%chk=aaa.chk
# hf/3-21g geom=connectivity

Title Card Required

0 1
C                 -3.41778617    0.96045196   -0.04474127
C                 -2.02262617    0.96045196   -0.04474127
C                 -1.32508817    2.16820296   -0.04474127
C                 -2.02274217    3.37671196   -0.04594027
C                 -3.41756717    3.37663396   -0.04641927
C                 -4.11516817    2.16842796   -0.04542327
H                 -3.96754517    0.00813496   -0.04429127
H                 -1.47311817    0.00793896   -0.04342627
H                 -0.22540817    2.16828296   -0.04410727
H                 -1.47254217    4.32885496   -0.04599927
H                 -3.96768917    4.32891496   -0.04737227
H                 -5.21477217    2.16861096   -0.04560327

1 2 1.5 6 1.5 7 1.0
2 3 1.5 8 1.0
3 4 1.5 9 1.0
4 5 1.5 10 1.0
5 6 1.5 11 1.0
6 12 1.0
7
8
9
10
11
12
然后试了试运行
结果输出的chk无法使用formchk转换,报错:

~/Gaussian16/g16/formchk aaa.chk
Read checkpoint file aaa.chk
Write formatted file aaa.fchk
Illegal MolTyp in RwMol1.
Error termination via Lnk1e at Wed May 15 16:00:21 2024.
然后去查看log文件找到了最后计算完成输出的时候存在不正常的
No NMR shielding tensors so no spin-rotation constants.
Leave Link  601 at Sun May 12 17:12:35 2024, MaxMem=  1310720000 cpu:               0.6 elap:               0.1
(Enter /public/home/liucy/Gaussian16/new/g16/l9999.exe)
Unable to Open any file for archive entry.
1\1\GINC-A02R3N08\FOpt\RM062X\6-31G(d)\C1H4\LIUCY\12-May-2024\0\\#p m0
62x 6-31g(d)opt\\Title_test\\0,1\C,-2.25708867,0.748160745,-0.01975407
1\H,-1.8932475065,-0.2809771455,-0.0197549905\H,-1.8932280541,1.262722
5466,0.8715016692\H,-1.8932295533,1.2627236091,-0.9110098099\H,-3.3486
49566,0.7481739699,-0.0197531529\\Version=ES64L-G16RevC.01\State=1-A1\
HF=-40.4820371\RMSD=3.656e-09\RMSF=2.182e-04\Dipole=0.,0.,0.\Quadrupol
e=0.,0.,0.,0.,0.,0.\PG=TD [O(C1),4C3(H1)]\\@
The archive entry for this job was punched.
后面试着又写了几个gjf,都是计算完成后出现上面的异常提示,最后的chk文件无法被转换。
求各位大佬指点方向,非常感谢

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2#
发表于 Post on 2024-5-15 22:31:36 | 只看该作者 Only view this author
确保formchk对应的Gaussian版本和计算chk文件的Gaussian版本完全对应,并且确保Gaussian正确安装了:
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html


如果能确保,重算再试

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-16 12:32:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-15 22:31
确保formchk对应的Gaussian版本和计算chk文件的Gaussian版本完全对应,并且确保Gaussian正确安装了:
Gaus ...

多谢大佬指教,来汇报一下
结果是云平台上的任务提交脚本
#!/bin/bash
#SBATCH -p lzicnormal
#SBATCH -N 1
#SBATCH -n 1
##SBATCH -c 8

export g16root=/public/home/liucy/Gaussian16/new
export GAUSS_SCRDIR=/public/home/liucy/Gaussian16/new/g16/tmp
source /public/home/liucy/Gaussian16/new/g16/bsd/g16.profile
export PGI_FASTMATH_CPU=sandybridge

g16 < test.gjf > test.log

问题排查出来是出在红标的 "-n 1"部分,-n 指的是本次作业申请的总核数,-c指的是作业线程,脚本中写的是:–n 1和–c 8 ,这样是不合规矩的,应该改为"-n 8"
或者 单核多线程的:
#SBATCH --ntasks-per-node=1
#SBATCH --cpus-per-task=8
chk文件就输出正常了

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