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[GROMACS] 在进行能量最小化的时候报错 “体系中没有定义分子”

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楼主
我用的这个命令做能量最小化gmx grompp -f minim.mdp -c cDCM_solv.gro -p topol.top -o em.tpr
麻烦问一下怎么解决呢?

cDCM_solv.gro

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minim.mdp

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topol.top

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发表于 Post on 2024-5-18 10:03:26 | 只看该作者 Only view this author
你的top文件根本就不是gromacs的top文件的格式
这种事稍微有点GROMACS基本常识不可能意识不到
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-18 10:07:38 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-18 10:03
你的top文件根本就不是gromacs的top文件的格式
这种事稍微有点GROMACS基本常识不可能意识不到

感谢感谢,我刚开始学还不是很了解

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发表于 Post on 2024-5-18 23:50:54 | 只看该作者 Only view this author
pg-zhd 发表于 2024-5-18 10:07
感谢感谢,我刚开始学还不是很了解

建议系统性学学,要不然得绕无数弯路、白浪费大量时间在踩坑和摸索上
北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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